(更新日期: 2025-12-10)
prepare_onek1k() 提取onek1k
eQTL文件数据并转化为MR标准文件prepare_dice() 提取dice-database
eQTL文件数据并转化为MR标准文件coloc_prepare_onek1k() 提取onek1k
eQTL文件数据并转化为共定位文件coloc_prepare_dice() 提取dice-database
eQTL文件数据并转化为共定位文件ld_check_batch() 批量进行ld
check分析，作为共定位分析的补充方法(更新日期: 2025-07-28)
fusion_assoc()多线程内容utmost_single_tissue()多线程内容utmost_joint_GBJ()多线程内容(更新日期: 2025-01-02)
postgwas_mtag()函数，添加keep_str_ambig参数，默认保留链模糊的SNPSpostgwas_sig_snp_mtag()函数，添加keep_str_ambig参数，默认保留链模糊的SNPS(更新日期: 2025-01-01)
postgwas_fine_mapping()函数，解决topsnp问题🎉🎉🎉 新年伊始，祝大家心想事成，文章多多
(更新日期: 2024-12-29)
postgwas_gcta_fastBAT()函数postgwas_sig_snp_merge()函数，添加sig_pval参数，可进一步筛选数据hyprcoloc_analysis()函数，作图覆盖问题(更新日期: 2024-12-18)
postgwas_sig_snp_merge()函数，合并SNP无相同数据报错问题utmost_single_tissue()多线程问题(更新日期: 2024-12-07)
hyprcoloc_prepare()数据筛选hyprcoloc_merge()筛选后数据合并，输出分析及作图数据hyprcoloc_analysis()筛选且数据合并后，进行多性状共定位并作图hyprcoloc_batch()一步完成分析postgwas_fine_mapping()精细映射，简化版postgwas_sig_snp_xxx系列函数
postgwas_sig_snp_gwas() GWAS数据筛选SNPpostgwas_sig_snp_mtag() MTAG跨表型关联分析2postgwas_sig_snp_cpassoc() cpassoc跨性状关联分析2postgwas_sig_snp_merge()
GWAS数据取交集,提取SNP及P值smr_plot_read()基因转换问题coloc_batch_gwas()函数，添加指定共定位区域参数future.apply包）
postgwas_cpassoc()函数，添加多线程运行(更新日期: 2024-09-22)
smr_data_check()
clean_data_ma()
smr_make_besd_qfile()
smr_plot_prepare()、smr_plot_omics_prepare基因版本名参数smr_query()批量提取探针数据mr_data_check()
clean_data()
coloc_plot_stack_assoc()作图，使用新R包coloc_batch_smr()批量提取探针数据，加快处理速度prepare_gwascatalog() 添加样本量和表型提取prepare_other() 添加样本量和表型提取transform_ensg2symbol()和transform_symbol2ensg()基因名版本选择Ensembl_GRCh37和Ensembl_GRCh38数据fusion_cojo()输出结果文件与作图不一致问题
(更新日期: 2024-08-13)
transform_chrpos2rsid()升级版transform_chrpos2rsid_pro()，简化函数及使用方法transform_rsid2chrpos()升级版transform_rsid2chrpos_pro()，简化函数及使用方法get_eaf_from_g1000()升级版get_eaf_from_g1000_pro()，简化函数及使用方法postgwas_snp2gene() snp注释，将snp注释到基因postgwas_snp2locus()
snp注释，将snp注释到基因座fusion_cojo()，如果单个组织单条染色体只有1个基因满足p值，也进行结果汇总。postgwas_cpassoc()，新增方法3，详细内容查看函数说明。(更新日期: 2024-07-30)
postgwas_mtag() MTAG跨表型关联分析postgwas_cpassoc() cpassoc跨性状关联分析fusion_acatP() fusion聚合柯西关联检验fusion_cojo() panel分类绘图postgwas_ldsc_rg() 参数内容postgwas_ldsc_h2() 参数内容🎉🎉🎉 新课已上线，欢迎大家报名参加
(更新日期: 2024-07-23)
utmost_single_tissue()，添加多线程处理，根据电脑CPU和内存适量指定，默认不开启utmost_joint_GBJ()，添加多线程处理，根据电脑CPU和内存适量指定，默认不开启fusion_assoc()已知问题fusion_cojo()已知问题🎉🎉🎉 新课已上线，欢迎大家报名参加
(更新日期: 2024-07-20)
fusion_assoc() fusion-twas分析fusion_cojo()fusion-cojo分析fusion_prepare_sumstat()
fusion分析GWAS数据预处理utmost_single_tissue() utmost-twas单组织分析utmost_joint_GBJ() utmost-twas跨组织分析🎉🎉🎉 新课已上线，欢迎大家报名参加
(更新日期: 2024-06-28)
coloc_batch_qtl()，可批量完成qtl和gwas的共定位分析coloc_batch_smr()，文件命名问题visualization_forest()，已知问题(更新日期: 2024-05-29)
postgwas_magma()，非windows文件生成不一致问题coloc_batch_ukbppp()，非windows解压文件名不一致问题coloc_batch_smr()、smr_query()，探针名包含特殊字符，无法处理问题visualization_forest()森林图(更新日期: 2024-04-27)
smr_query_rsids(),基于smr,查询rsidsmr_make_besd(),构建SMR格式的QTL汇总数据get_gene_info(),查询基因的染色体位置信息prepare_xqtls(),准备顺式和反式区域xqtlsclump_method，可选择不同方式(1,2,3)clump，默认1.
(更新日期: 2024-04-12)
transform_rsid2chrpos(),根据SNP匹配CHR和POS数据append_col_Fvalue(),计算F值和R2值append_col_customs(),自定义添加数据postgwas_cal_Neff(),计算有效样本量postgwas_meta(),gwas meta分析,详见语雀文档postgwas_magma(),gwas magma分析mr_add_steiger()教程,详见语雀文档mr_add_metadata(),增加暴露或者结局数据的metadatald_clump,报错显示问题coloc_batch_ukbppp(),一个文件对应多个共定位区域(更新日期: 2024-03-26)
postgwas_ldsc_rg() 计算遗传相关性postgwas_ldsc_h2() 计算遗传力(更新日期: 2024-03-18)
coloc_batch_gwas() 批量Gwas共定位coloc_select_region_qtls() Qtls共定位区域选择coloc_select_region 为
coloc_select_region_gwas() Gwas共定位区域选择(更新日期: 2024-03-10)
mr_extract_exposure_local() 本地提取暴露数据mr_extract_exposure_local_mv()
本地提取多因素暴露数据mr_extract_exposure_online()
IEU在线提取暴露数据mr_extract_exposure_online_mv()
在线提取多因素暴露数据mr_extract_outcome_local() 本地提取结局数据mr_extract_outcome_online()
IEU在线提取结局数据mr_analysis_uv() MR单因素分析mr_analysis_mv() MR多因素分析mr_analysis_mediation() MR中介分析mr_data_check() 校验MR格式数据是否正确mr_local_mediation_recalculate,可使用mr_analysis_mediation()计算中介效应(更新日期: 2024-02-06)
Ensembl_GRCh37，Ensembl_GRCh38增加非蛋白编码基因对应的数据visualization_forest(),visualization_manhattan(),visualization_volcano()添加变量返回，可自定义修改snp_deduplication_by参数，用于snp的rsid存在重复去重prepare_method参数，用于缺失chr,pos处理(更新日期: 2024-01-31)
transform_chrpos2rsid()，实现基于chr_pos匹配rsidappend_col_or()，基于b与se计算OR和95%CIsmr_plot_read()，方便读取smr_plot_prepare()生成绘图数据smr_plot_omics_read()，方便读取smr_plot_omics_prepare()生成绘图数据smr_plot_omics()、smr_plot_locus()绘图问题（R版本兼容）coloc_batch_decode()、coloc_batch_ukbppp()、coloc_batch_eqtlgen()下限为负数的问题(更新日期: 2024-01-23)
coloc_batch_eqtlgen()本地ieu处理功能coloc_batch_smr()，SMR数据批量共定位分析visualization_volcano()，cut_off_effect_size参数smr_query()内容mr_add_presso()问题coloc_analysis()问题(更新日期: 2024-01-17)
visualization_forest()
visualization_volcano()
visualization_manhattan()
mr_add_steiger()
smr_GTEx，合并到smr_qtl2gwas()
smr_eQTLGen，合并到smr_qtl2gwas()
smr_query_probes()用于查询探针smr_qtl2gwas()用于xQTL(mQTL、eQTL和pQTL)和疾病或者性状GWAS的smr分析；smr_qtl2qtl()用于组学数据间的smr分析，如mQTL2eQTL，mQTL2pQTL,
eQTL2pQTL；smr_plot_omics_prepare()
多组学染色体位图，数据准备smr_plot_omics() 多组学染色体位图，可视化smr_batch_mqtl2gwas()批量完成mQTL与GWAS的SMR分析mr_clum()p函数，pos_col默认值为”pos”mr_clump()过滤问题(p<exp_p)coloc_select_region()问题coloc_plot_locuscompare()绘图，p值过小无法正常显示问题（p<1e*324）coloc_plot_stack_assoc()绘图，p值过小无法正常显示问题（p<1e*324）(更新日期: 2024-01-08)
get_proxy_snp_from_g1000()寻找代理snp,基于1000基因组项目数据mr_plot_forest()绘图问题mr_add_presso()问题(更新日期: 2024-01-06)
coloc_plot_locuscompare()绘图coloc_plot_stack_assoc()绘图coloc_batch_eqtlgen()，基于在线ieu数据库批量共定位分析（网络效果不佳，慎用）coloc_prepare_ieu_online()
coloc分析数据准备，基于ieu在线数据（网络效果不佳，慎用）coloc_batch_decode()新增绘图内容coloc_batch_ukbppp()新增绘图内容mr_add_presso()，基于MR分析生成的harmonise
data进行mr presso分析mr_local_harmonise()，基于MR分析生成的harmonised
data进行MR分析prepare_others()处理数据问题update_package()更新R包函数update_exe()更新plink等可执行文件(更新日期: 2023-12-30)
transform_hg38ToHg19()函数，h38坐标转换h19坐标。transform_hg19ToHg38()函数，h19坐标转换h38坐标。prepare_others()函数，预处理其他来源数据。prepare_gwascatalog()函数参数，现在直接指定对应列名即可，更简单直观。