根据CHR和POS匹配SNP数据

根据CHR和POS匹配SNP数据

Usage,

transform_chrpos2rsid(
  file_path = "",
  perl_exe_path = "",
  annotate_variation_path = "",
  ref_genome = "hg38",
  snp150_dir = "",
  out_path = "./"
)

参数

file_path

标准mr数据文件路径,数据中需要包含列名：SNP,effect_allele,other_allele,eaf,beta,se,pval,samplesize,chr,pos。

perl_exe_path

执行perl脚本的perl.exe路径

annotate_variation_path

annotate_variation.pl的脚本路径

ref_genome

使用到的参考基因组，可以是hg19或者hg38，默认是hg19。

snp150_dir

使用到的参考数据地址，写明文件夹地址即可。 用到的是文件夹下的hg19_avsnp150.txt或者hg38_avsnp150.txt

out_path

指定输出结果的路径

值

SNP数据文件

Examples

transform_chrpos2rsid(file_path = "./demo/annovar_chrpos2rsid_demo.txt",
perl_exe_path= "E:/Strawberry/perl/bin/perl.exe",
annotate_variation_path = "e:/annovar.latest.tar/annovar/annotate_variation.pl",
ref_genome = "hg38",
snp150_dir="y:/data_ref/ANNOVAR/",
out_path="./demo/")