标准数据格式.Rmd要进行mr之前分析,需要将相关数据转换成标准格式,主要包含以下数据列:
| 列名 | 含义 | 备注 |
|---|---|---|
| SNP | 单核苷酸多态性位点rsid,以rs开头,例如rs561234294 | 必须,必须包含的列(下同) |
| effect_allele | 效应等位基因位点,有时候也写作A1或者alt | 必须 |
| other_allele | 参考等位基因位点,有时候也写作A2或者ref | 必须 |
| eaf | 效应等位基因位点的频率, 也就是A1的频率 | 非必须,可以为缺失的列,缺失时记作NA(下同) |
| beta | 效应等位基因位点的效应值beta 或者lnOR | 必须 |
| se | se是beta值的标准误(standard error) | 必须 |
| pval | p值是beta值的显著性水平 | 必须 |
| samplesize | GWAS研究的样本总量 | 非必须 |
| chr | SNP所在的染色体位置 | 非必须 |
| pos | SNP所在的染色体的碱基位置 | 非必须 |