本地提取结局数据 — mr_extract_outcome

本地提取结局数据

Usage,

mr_extract_outcome_local(
  snps = NULL,
  local_out_path = c(),
  out_p = 1e-05,
  find_proxy = T,
  ld_r2 = 0.6,
  ld_kb = 1000,
  ld_nsnp = 5000,
  ld_maf = 0.01,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  bfile = NULL
)

参数

snps: 暴露数据SNP
local_out_path: 结局数据文件地址
out_p: 指定与结局相关的p值的阈值，默认是1e-5。通过该阈值，排除与结局相关的snp。
find_proxy: 针对结局中未匹配到的snp，是否寻找代理工具变量，默认是T。
ld_r2: 如果find_proxy=T,代理snp与缺失snp的r2满足的条件，默认是0.6。
ld_kb: 如果find_proxy=T,指定缺失snp的染色体范围，用以找代理snp，默认是1000kb。默认值参考https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ld#r，默认值为1Mb, 只对距离在1Mb之内的SNP位点进行分析。
ld_nsnp: 如果find_proxy=T, ld_nsnp默认值为5000，这个参数限定了一个SNP位点最多和5000个其他的SNP位点进行LD分析。默认值是参考gwasvcf::query_gwas进行设定。
ld_maf: 如果find_proxy=T,代理snp的maf满足的条件，默认是0.01。
plink_exe: plink，默认内置最新plink工具。
bfile: bfile指定参考文件的位置

值

提取的结局数据

Examples

exposure <- mr_extract_exposure_local(local_exp_path = "./ieu-a-835.txt", bfile = "./eur/EUR")
outcome <- mr_extract_outcome_local(exposure$SNP,local_out_path = "./ieu-a-8.txt", bfile = "./eur/EUR")