本地提取暴露数据 — mr_extract_exposure

本地提取暴露数据

Usage,

mr_extract_exposure_local(
  local_exp_path = c(),
  exp_p = 5e-08,
  clump = T,
  clump_method = 1,
  clump_p = 0.99,
  clump_kb = 10000,
  clump_r2 = 0.001,
  bfile = NULL,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  index_snp = F
)

参数

local_exp_path: 本地暴露数据地址
exp_p: 指定与暴露相关的p值的阈值，默认是5e-8。通过该阈值，筛选与暴露相关的snp。
clump: 是否对本地数据进行clump，默认T
clump_method: clump使用方法，默认 1。 1，基于pval；2，基于1/zscore；3，当pval==0使用1/zscore正排序A1，当pval>0使用pval正排序A2，按照A1A2拼接，并给一个分数
clump_p: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_p
clump_kb: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_kb
clump_r2: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_r2
bfile: bfile指定参考文件的位置，例如EUR
plink_exe: plink，默认内置最新plink工具。
index_snp: 是否选定index_snp进行MR分析，默认为F。在基因表达或者蛋白表达e/pQTLs的时候，可以选择index-SNP进行后续的MR分析。参考文章：Yuan S, Xu F, Li X, et al. doi:10.1016/j.xcrm.2023.101174

值

提取的暴露数据

Examples

exposure <- mr_extract_exposure_local(local_exp_path = "./ieu-a-835.txt", bfile = "./eur/EUR")