MTAG跨表型关联分析2 — postgwas_sig_snp

对2个及以上gwas数据进行跨性状mtag分析后，根据显著性p值筛选多效性SNP。

Usage,

postgwas_sig_snp_mtag(
  file_paths,
  sig_pval = 5e-08,
  ancestry,
  ld,
  wld,
  maf = 0.01,
  force = F,
  n_min = NULL,
  keep_str_ambig = T,
  out_path = "./",
  out_prefix = "mtag"
)

参数

file_paths: 多个gwas数据文件地址，必须是MR标准格式
sig_pval: 过滤阈值
ancestry: 方式1：使用该参数指定人群则默认使用来自Pan-UKB对应人群的参考文件，可以选择：EUR、AFR、AMR、CSA、EAS、MID。详情请执行查询代码进行查看：?ldscr::ldsc_rg。
ld: 方式2：提供ld和wld参数对应的内容，指定对应人群的参考文件，包括.l2.ldscore.gz文件。
wld: 方式2：提供ld和wld参数对应的内容，指定对应人群的参考文件，包括*.l2.ldscore.gz文件。
maf: 默认0.01，用于过滤maf<0.01的罕见SNP。也可以设置为其他值。
force: 即使平均chi2很小，也要进行MTAG估计，默认F。
n_min: 默认NULL，保留 N >= (2/3) * 90th percentile的SNP。也可以设置为其他值。
keep_str_ambig: 默认T，是否保留链模糊的SNPS
out_path: 输出文件的路径
out_prefix: 输出文件的前缀

Examples

mtag <- postgwas_sig_snp_mtag(file_paths = c("hg19_avsnp151_腹主动脉瘤meta-AAAgen-final-sumstat.txt","心肌梗死GCST011364.h.txt"),
sig_pval = 5e-8,
ld = "f:/data_ldsc/eur_w_ld_chr/",
wld = "f:/data_ldsc/eur_w_ld_chr/",
maf = NULL,
out_path = "./3_meta_mtag_cpassoc/AAA_MI",
out_prefix = "AAA_MI")