本地harmonised_data的steiger方向性检验

在进行Steiger方向性检验的时候，需要计算SNP对暴露的解释比R2，以及SNP对于结局的解释比R2，从而判断方向是否正确。 在函数中，首先需要计算r.exposure和r.outcome： 如果是定量性状GWAS数据，Steiger检验计算r.exposure和r.outcome使用到的函数是：get_r_from_pn(p, n)。其中p, n分别对应gwas数据中的pvals和samplesize。 如果是二分类变量，需要自己提前计算r.exposure和r.outcome，可以使用的函数是：get_r_from_lor(lor,af,ncase,ncontrol,prevalence)。 其中lor,af,ncase,ncontrol,prevalence分别对应GWAS数据中的beta，eaf，ncase和ncontrol；而prevalence对应研究人群中疾病的发生率（Disease prevalence in the population）。

Usage,

mr_add_steiger(harmonise_data_path = "", out_path = "./")

参数

harmonise_data_path

MR分析过程中生成的table_s1_harmonise_data.csv文件地址

out_path

输出文件的路径

Examples

mr_add_steiger(harmonise_data_path="./table_s1_harmonise_data.csv")