coloc分析数据准备，基于ieu在线数据进行准备

coloc分析数据准备，基于ieu在线数据进行准备

Usage,

coloc_prepare_ieu_online(
  ids = "",
  eqtlgen_source = F,
  eqtlgen_annotation = Ensembl_GRCh37,
  eqtlgen_cis_wind = 1e+06,
  chrompos = NULL,
  out_path = "./"
)

参数

ids

用于coloc分析的id

eqtlgen_source

ieu中的id是否是eqtlgen来源的基因表达eqtls数据，默认是F

eqtlgen_annotation

eqtlgen_source=T的时候，需要指定基因的染色体和碱基的位置信息，默认为Ensembl_GRCh37。

eqtlgen_cis_wind

当eqtlgen_source=T, 程序自动选择基因区域上下游的范围作为顺式调控区域，默认是1mb。

chrompos

当eqtlgen_source=F，需要提供基因片段数据，用于准备coloc分析的数据。如5:73632154-75657929

out_path

输出文件的路径

值

coloc分析标准文件

Examples

coloc_prepare_ieu_online(
  eqtlgen_source  = T,
  ids = c("eqtl-a-ENSG00000113161","eqtl-a-ENSG00000175445"),
  out_path = "./"
)