ukb-ppp数据库文件,转换成mr smr标准文件

ukb-ppp数据库文件,转换成mr smr标准文件

Usage,

prepare_ukb_ppp(
  file_path = "",
  snp_annotation_path = "",
  out_path = "./",
  generate_mr = T,
  generate_smr = T,
  is_pos19 = F
)

参数

file_path

需要转换成mr或smr标准格式ukb-ppp来源的tar文件，如a1bg_p04217_oid30771_v1_inflammation_ii.tar。 可以是一个或者多个，不要修改源文件名。

snp_annotation_path

snp注释文件的路径。由我们提供处理之后的索引文件ukb_ppp.index

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作目录

generate_mr

是否同时输出用于mr分析的标准文件.txt，默认值为T

generate_smr

是否同时输出用于smr分析的标准文件.ma，默认值为T

is_pos19

是否输出pos19(pos37),默认pos38

值

输出mr标准格式的.txt文件默认当前工作文件夹；输出smr标准格式的.ma文件默认当前工作文件夹

Examples

# 单个文件预处理
prepare_ukb_ppp(file_path = "a1bg_p04217_oid30771_v1_inflammation_ii.tar",
snp_annotation_path = "./ukp_ppp.index",
is_pos19 = F,
out_path = "./")

# 多个文件预处理
prepare_ukb_ppp(file_path = c("a1bg_p04217_oid30771_v1_inflammation_ii.tar",
"aamdc_q9h7c9_oid30236_v1_cardiometabolic_ii.tar",
"aarsd1_q9bte6_oid21311_v1_oncology.tar"),
snp_annotation_path = "./ukp_ppp.index",
is_pos19 = F,
out_path = "./")