clump本地数据,去除连锁不平衡SNP — mr

本地clump数据，去除连锁不平衡SNP

Usage,

mr_clump(
  local_exp_path = "",
  exp_p = 5e-08,
  maf_filter = F,
  maf = 0.01,
  Fvalue_filter = F,
  Fvalue = 10,
  cis = F,
  cis_trans_col = "cis_trans",
  pos_col = "pos",
  clump = T,
  clump_method = 1,
  clump_kb = 10000,
  clump_r2 = 0.001,
  bfile = NULL,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  out_path = "./",
  out_prefix = "mr_clump"
)

参数

local_exp_path: 用于clump的本地数据地址
exp_p: 筛选与暴露显著相关性的snp，设置p值，默认p=5e-8
maf_filter: 是否根据maf进行过滤，默认为F。在确定输入文件中具有eaf或者maf的时候，可以设置为T。
maf: 用于clump的数据需要包含eaf值。筛选与暴露显著相关性snp的maf，默认maf=0.01
Fvalue_filter: 是否根据Fvalue进行过滤，默认为F。在确定输入文件中具有eaf或者maf的时候，可以设置为T。
Fvalue: 计算工具变量的F值，并基于Fvalue进行工具变量的筛选，默认Fvalue = 10
cis: 如果是基因表达或者蛋白表达的GWAS数据（QTLs数据），是否仅保留cis区域的snp，默认为F。
cis_trans_col: 如果仅保留cis区域的snp，需要指明顺式或者反式标签所在的列名。如“cis_trans_hg19”。
pos_col: 指明snp的pos所在的列名，默认"pos"
clump_method: clump使用方法，默认 1。 1，基于pval；2，基于1/zscore；3，当pval==0使用1/zscore正排序A1，当pval>0使用pval正排序A2，按照A1A2拼接，并给一个分数
clump_kb: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_kb
clump_r2: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_r2
bfile: 如果clump=T, bfile指定参考文件的位置，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
plink_exe: plink，默认内置最新plink工具。
out_path: 指定输出文件的地址,默认是当前工作路径"./"。
out_prefix: 指定输出文件的前缀,默认为"mr_clump"。
clump_p: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_p

Examples

mr_clump(
local_exp_path =c("./A1BG_P04217_OID30771_v1_Inflammation_II_dedup_MRinput.csv",
"./AAMDC_Q9H7C9_OID30236_v1_Cardiometabolic_II_dedup_MRinput.csv") ,
exp_p = 5e-8,
maf = 0.01,
Fvalue = 10,
cis =T,
cis_trans_col = "cis_trans_hg19",
clump =T,
clump_kb = 10000,
clump_r2 = 0.001,
bfile = "./1kg.v3/EUR",
plink_exe = get_plink_exe(),
out_path = "./")