postgwas_meta.Rd使用metal方法对多个GWAS数据进行meta分析,可使用样本量加权(samplesize)或者标准误加权(se)的方式。 参考文献:Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans. Bioinformatics. 2010;26(17):2190-2191. doi:10.1093/bioinformatics/btq340
postgwas_meta(
metal_exe_path,
file_path = c(),
SEPARATOR = "TAB",
weight = "se",
col_snp = "SNP",
col_effect_allele = "effect_allele",
col_other_allele = "other_allele",
col_beta = "beta",
col_se = "se",
col_pval = "pval",
col_eaf = "eaf",
col_samplesize = "samplesize",
col_chr = "chr",
col_pos = "pos",
run_GENOMICCONTROL = T,
run_AVERAGEFREQ = T,
run_TRACKPOSITIONS = F,
run_HETEROGENEITY = T,
run_OVERLAP = T,
run_OVERLAP_ZCUTOFF = 1,
filter_maf = NULL,
filter_N = NULL,
filter_snps = NULL,
out_path = "./",
out_prefix = "METAANALYSIS"
)指定metal.exe的路径
指定gwas文件的路径。
输入gwas文件的分隔方式,默认TAB,即\t。
进行meta分析时候,使用se加权或者samplesize加权。默认使用se加权。
SNP列的列名,默认SNP。
effect_allele列的列名,默认为effect_allele。
other_allele列的列名,默认为other_allele。
beta列的列名,默认为beta。
se列的列名,默认为se。
pval列的列名,默认为pval。
eaf列的列名,默认为eaf。
samplesize列的列名,默认为samplesize。
chr列的列名,默认为chr。
pos列的列名,默认为pos。
是否启用基因组控制以校正潜在的群体结构和亲缘关系偏差,默认T。
是否启用平均等位基因频率的计算,默认T。
是否启用snp的chr和pos记录,需要保证不同研究中用到的chr和pos版本一致,如均为hg19或hg38。默认为F。
是否进行异质性分析以评估不同研究结果之间的一致性,默认T。
是否启用对重叠样本的检测和校正,以避免在meta分析中对同一样本的重复计算。默认为T。
如run_OVERLAP=T,设置Z分数的截断阈值,默认值为1,意味着所有Z分数大于1的SNPs将被保留。
是否根据maf对snp进行过滤,默认为NULL,不进行过滤。如filter_maf = 0.01,则去除eaf<0.01和eaf>0.99的SNP。
是否根据样本量对snp进行过滤,默认为NULL,不进行过滤。如filter_N = 1000,则去除N<1000的SNP。
是否根据rsid对snp进行选择,默认为NULL,则选择所有的snp。 如filter_snps = "rs10042899",则结果中仅保留rsid= rs10042899的记录。
meta分析的输出文件路径。
meta分析的输出文件前缀。
返回meta分析的结果
postgwas_meta(
metal_exe_path = "e:/Windows-metal/metal.exe",
file_path = c("d:/MR/meta_test/ieu-a-7.txt",
"d:/MR/meta_test/finngen_R8_I9_CHD.txt")
)