使用metal方法对多个GWAS数据进行meta分析,可使用样本量加权(samplesize)或者标准误加权(se)的方式。 参考文献:Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans. Bioinformatics. 2010;26(17):2190-2191. doi:10.1093/bioinformatics/btq340

Usage,
postgwas_meta(
  metal_exe_path,
  file_path = c(),
  SEPARATOR = "TAB",
  weight = "se",
  col_snp = "SNP",
  col_effect_allele = "effect_allele",
  col_other_allele = "other_allele",
  col_beta = "beta",
  col_se = "se",
  col_pval = "pval",
  col_eaf = "eaf",
  col_samplesize = "samplesize",
  col_chr = "chr",
  col_pos = "pos",
  run_GENOMICCONTROL = T,
  run_AVERAGEFREQ = T,
  run_TRACKPOSITIONS = F,
  run_HETEROGENEITY = T,
  run_OVERLAP = T,
  run_OVERLAP_ZCUTOFF = 1,
  filter_maf = NULL,
  filter_N = NULL,
  filter_snps = NULL,
  out_path = "./",
  out_prefix = "METAANALYSIS"
)

参数

metal_exe_path

指定metal.exe的路径

file_path

指定gwas文件的路径。

SEPARATOR

输入gwas文件的分隔方式,默认TAB,即\t

weight

进行meta分析时候,使用se加权或者samplesize加权。默认使用se加权。

col_snp

SNP列的列名,默认SNP。

col_effect_allele

effect_allele列的列名,默认为effect_allele。

col_other_allele

other_allele列的列名,默认为other_allele。

col_beta

beta列的列名,默认为beta。

col_se

se列的列名,默认为se。

col_pval

pval列的列名,默认为pval。

col_eaf

eaf列的列名,默认为eaf。

col_samplesize

samplesize列的列名,默认为samplesize。

col_chr

chr列的列名,默认为chr。

col_pos

pos列的列名,默认为pos。

run_GENOMICCONTROL

是否启用基因组控制以校正潜在的群体结构和亲缘关系偏差,默认T。

run_AVERAGEFREQ

是否启用平均等位基因频率的计算,默认T。

run_TRACKPOSITIONS

是否启用snp的chr和pos记录,需要保证不同研究中用到的chr和pos版本一致,如均为hg19或hg38。默认为F。

run_HETEROGENEITY

是否进行异质性分析以评估不同研究结果之间的一致性,默认T。

run_OVERLAP

是否启用对重叠样本的检测和校正,以避免在meta分析中对同一样本的重复计算。默认为T。

run_OVERLAP_ZCUTOFF

如run_OVERLAP=T,设置Z分数的截断阈值,默认值为1,意味着所有Z分数大于1的SNPs将被保留。

filter_maf

是否根据maf对snp进行过滤,默认为NULL,不进行过滤。如filter_maf = 0.01,则去除eaf<0.01和eaf>0.99的SNP。

filter_N

是否根据样本量对snp进行过滤,默认为NULL,不进行过滤。如filter_N = 1000,则去除N<1000的SNP。

filter_snps

是否根据rsid对snp进行选择,默认为NULL,则选择所有的snp。 如filter_snps = "rs10042899",则结果中仅保留rsid= rs10042899的记录。

out_path

meta分析的输出文件路径。

out_prefix

meta分析的输出文件前缀。

返回meta分析的结果

Examples

postgwas_meta(
metal_exe_path = "e:/Windows-metal/metal.exe",
file_path = c("d:/MR/meta_test/ieu-a-7.txt",
              "d:/MR/meta_test/finngen_R8_I9_CHD.txt")
)