升级版：根据SNP匹配CHR和POS数据

升级版：根据SNP匹配CHR和POS数据

Usage,

transform_rsid2chrpos_pro(
  file_path,
  avsnpfile_dir,
  out_path = "./",
  out_prefix = "rsid2chrpos_"
)

参数

file_path

标准mr数据文件路径,数据中需要包含列名：SNP,effect_allele,other_allele,eaf,beta,se,pval,samplesize,chr,pos。

avsnpfile_dir

参考数据文件夹地址，请选择hg19或hg38参考基因组版本的注释文件夹

• hg19注释文件：包含1-22、x、y、mt 注释数据

• hg38注释文件：包含1-22、x、y、mt 注释数据

out_path

输出文件路径

out_prefix

输出文件前缀

值

匹配chrpos的数据

Examples

transform_rsid2chrpos_pro(
file_path ="./miss_chrpos.txt",
avsnpfile_dir="./hg19_avsnp150"
)