染色体位图 — smr_plot_locus • DrugTargetMR

染色体位图

Usage,

smr_plot_locus(
  smr_data = NULL,
  probeNEARBY = NULL,
  smr_thresh = 0.001,
  smr_thresh_plot = NULL,
  heidi_thresh = 0.01,
  plotWindow = 250,
  pointsize = 20,
  max_anno_probe = 16,
  anno_selfdef = F,
  pdf = F,
  height = 6,
  width = 8,
  out_path = "./",
  out_prefix = "my"
)

参数

smr_data: smr_plot_prepare输出的数据
probeNEARBY: eQTLs层，可指定感兴趣的探针id以绘制对应的QTLs数据。
smr_thresh: SMR分析的显著性水平，默认为0.001。
smr_thresh_plot: eQTL层，用于绘制eQTL层的探针数据的smr阈值，默认为NULL。当smr_thresh_plot=NULL的时候，使用smr_thresh的显著性水平作为eQTL层的探针数据筛选标准。当smr_thresh_plot=F的时候，则不根据smr_thresh筛选探针绘制eQTL层。
heidi_thresh: HEIDI测试的阈值。默认值为0.01。
plotWindow: 绘制染色体位图的染色体区间，默认为指定探针的上下游250kb，即500kb的区间。
pointsize: 纵坐标对应标题字体的大小，默认为20。
max_anno_probe: GWAS/SMR层中，图中显示的最大探测名称数。默认值为16。
anno_selfdef: 是否使用使用第三部分的库来排列探针名称,默认为 F。可以尝试两种探针注释方式，选择一种满意的展示方式。
pdf: 是否输出到pdf
height: 输出pdf图片的高度，默认为6。
width: 输出pdf图片的宽度，默认为10。
out_path: pdf 输出pdf文件的路径，默认当前路径
out_prefix: 输出pdf文件的前缀

值

绘制染色体位置点图

Examples

smr_plot_locus(smr_data = SMRData,max_anno_probe=1)