ldsc分析计算遗传力

ldsc分析计算遗传力

Usage,

postgwas_ldsc_h2(
  file_path = "",
  ancestry,
  ld,
  wld,
  out_path = "./",
  out_prefix = "postgwas"
)

参数

file_path

用于计算遗传相关性的GWAS数据。需要准备成mr分析的标准输入文件。

ancestry

方式1：使用该参数指定人群则默认使用来自Pan-UKB对应人群的参考文件。

• 可以选择：EUR、AFR、AMR、CSA、EAS、MID。

ld

方式2：提供ld和wld参数对应的内容，指定对应人群的参考文件，包括.l2.ldscore.gz文件。

wld

方式2：提供ld和wld参数对应的内容，指定对应人群的参考文件，包括*.l2.ldscore.gz文件。

out_path

输出文件的路径。

out_prefix

输出文件的前缀，默认为postgwas。

值

分析文件

Examples

postgwas_ldsc_h2(file_path =  c("./ieu-a-30.txt","./ieu-a-31.txt","./ieu-a-32.txt"))