utmost-twas跨组织分析

Usage,

utmost_joint_GBJ(
  gene_info_file = NULL,
  input_file = NULL,
  cov_folder = NULL,
  cov_rds = NULL,
  weight_db_folder = NULL,
  weight_db_rds = NULL,
  start_gene_index = NULL,
  end_gene_index = NULL,
  out_path = "./",
  out_prefix = "joint_GBJ"
)

参数

gene_info_file

基因列表信息文件路径，用于跨组织联合分析的基因列表信息。该列表中的基因，需要与单个twas分析中的gene保持一致。

input_file

utmost_single_tissue()输出结果的文件路径

cov_folder

用于跨组织联合分析的协方差矩阵covariance matrices文件的文件夹路径

含单个基因的协方差(如，ENSG00000000419.12.cov)文件
含单个基因的snplist(如，ENSG00000000419.12.snplist)

cov_rds

提前处理好的cov（.rds）文件，如果填写，优先使用该数据

weight_db_folder

用于单组织分析的基因权重文件夹路径。

包含Adipose_Subcutaneous.db，Adipose_Visceral_Omentum.db等

weight_db_rds

提前处理好的weight_db（.rds）文件，如果填写，优先使用该数据

start_gene_index

基因列表信息中，开始进行联合分析的基因序号。默认为NULL，即从第一个开始分析。

end_gene_index

基因列表信息中，结束进行联合分析的基因序号。默认为NULL，即分析至最后一个结束。

out_path

输出结果文件的路径

out_prefix

输出结果文件的前缀

值

跨组织分析结果

Examples

dat <- utmost_joint_GBJ(
  gene_info_file = "./results/utmost_summary_gene_info.txt",
  input_file =   "./results/utmost_summary_results.csv",
  cov_folder= "F:/data_utmost/covariance_joint_GTEx8_normalized_pruned/",
  weight_db_folder = "F:/data_utmost/database_normalized_pruned/"
)