utmost-twas单组织分析

utmost-twas单组织分析

Usage,
utmost_single_tissue(
  gwas_file = NULL,
  cov_folder = NULL,
  weight_db_folder = NULL,
  single_tissue = NULL,
  out_path = "./",
  out_prefix = "utmost",
  col_snp = "SNP",
  col_effect_allele = "effect_allele",
  col_other_allele = "other_allele",
  col_se = "se",
  col_beta = "beta",
  col_pval = "pval"
)

参数

gwas_file

用于分析的GWAS汇总文件，可以是MR分析的标准输入格式或其他类型的格式。需要含有列：SNP、effect_allele、other_allele、se、beta和pval。

cov_folder

用于单组织分析的协方差矩阵covariance matrices文件夹路径。

  • 包含Adipose_Subcutaneous.txt.gz，Adipose_Visceral_Omentum.txt.gz等

weight_db_folder

用于单组织分析的基因权重文件夹路径。

  • 包含Adipose_Subcutaneous.db，Adipose_Visceral_Omentum.db等

single_tissue

需要分析的组织名，例如：c("Adipose_Subcutaneous","Adipose_Visceral_Omentum")

  • 如果不指定，根据weight_db_folder下所有组织进行分析

  • 如果指定，需要指定文件名就行（除去扩展名），例如Adipose_Subcutaneous，Adipose_Visceral_Omentum

out_path

分析输出文件路径，默认为当前路径。

out_prefix

分析输出文件的前缀，默认为single_tissue。

col_snp

在gwas_file对应的gwas汇总文件中，snp对应的列名，默认为SNP。

col_effect_allele

在gwas_file对应的gwas汇总文件中，effect_allele对应的列名，默认为effect_allele。

col_other_allele

在gwas_file对应的gwas汇总文件中，other_allele对应的列名，默认为other_allele。

col_se

在gwas_file对应的gwas汇总文件中，se对应的列名，默认为se。

col_beta

在gwas_file对应的gwas汇总文件中，beta对应的列名，默认为beta。

col_pval

在gwas_file对应的gwas汇总文件中，pval对应的列名，默认为pval。

值

分析结果汇总

Examples

dat <- utmost_single_tissue(
  gwas_file = "./data_prepare/finngen_R10_G6_MIGRAINE_treated.txt",
  cov_folder = "F:/data_utmost/covariance_GTEx8_normalized_pruned/",
  weight_db_folder = "F:/data_utmost/database_normalized_pruned/",
  single_tissue = NULL,
  out_path = "./results"
)