共定位结果绘制，绘制locuscompare

共定位结果绘制，绘制locuscompare，脚本来源：https://github.com/boxiangliu/locuscomparer/blob/master/R/locuscompare.R

Usage,

coloc_plot_locuscompare(
  file1_path = "",
  title1 = "eQTL",
  file1_marker_col = "SNP",
  file1_pval_col = "pval",
  file2_path = "",
  title2 = "GWAS",
  file2_marker_col = "SNP",
  file2_pval_col = "pval",
  bfile = "",
  out_path = "./",
  out_prefix = "locuscompare",
  width = NULL,
  height = NULL,
  max.overlaps = 100,
  dpi = 500
)

参数

file1_path

coloc_analysis过程中生成的用于绘图的_plot.txt文件（需要包含rsid和pval），对应暴露的文件地址

title1

性状1名称

file1_marker_col

指定rsid列对应的列名。在_plot.txt文件中，对应的列名为"SNP"。

file1_pval_col

指定pval列对应的列名。在_plot.txt文件中，对应的列名为"pval"。

file2_path

coloc_analysis过程中生成的用于绘图的_plot.txt文件（需要包含rsid和pval），对应结局的文件地址

title2

性状2名称

file2_marker_col

指定rsid列对应的列名。在_plot.txt文件中，对应的列名为"SNP"。

file2_pval_col

指定pval列对应的列名。在_plot.txt文件中，对应的列名为"pval"。

bfile

提供对应基因的bfile文件，用于计算R2。

out_path

输出文件的地址

width

绘图图片的宽度，单位是mm。默认是A4纸的宽度，210mm。

height

绘图图片的宽度，单位是mm。默认是100mm。

max.overlaps

绘图时，重叠单位过多导致无法显示top_snp时，可将该值调大，显示top_snp，默认100

dpi

绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。

值

绘图pdf

Examples

coloc_plot_locuscompare(
file1_path = "eqtl-a-ENSG00000113161_coloc_5-73632154-75657929_plot.txt",
file2_path = "ieu-a-7_coloc_5-73632154-75657929_plot.txt",
bfile = "z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR")