ieu数据库vcf.gz文件,转换成mr smr标准文件

将ieu数据库下载的vcf.gz文件 转换成mr分析.txt文件 转换成smr分析.ma文件

Usage,

prepare_ieu(
  file_path,
  out_path = "./",
  generate_mr = T,
  generate_smr = T,
  sample_size = NULL
)

参数

file_path

需要转换成mr和smr分析标准格式的ieu来源的vcf.gz文件，可以是1个或者多个。

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作目录

generate_mr

是否同时输出用于mr分析的标准文件.txt，默认值为T

generate_smr

是否同时输出用于smr分析的标准文件.ma，默认值为T

sample_size

样本量，默认读取文件样本量，如填写，使用该样本量

值

输出mr标准格式的.txt文件默认当前工作文件夹；输出smr标准格式的.ma文件默认当前工作文件夹

Examples

# 单个文件预处理
prepare_ieu(file_path = "./data_raw/ieu-a-30.vcf.gz",
            generate_mr = F,
            generate_smr = T,
            out_path = "./data_prepare/")

# 多个文件预处理
prepare_ieu(file_path = c("./data_raw/ieu-a-30.vcf.gz",
"./data_raw/ieu-a-31.vcf.gz",
"./data_raw/ieu-a-32.vcf.gz"),
generate_mr = F,
generate_smr = T,
out_path = "./data_prepare/")