共定位结果绘制，绘制stack_assoc 共定位结果绘制，绘制stack_assoc，脚本来源：https://github.com/jrs95/geni.plots/blob/main/R/fig_region.R

共定位结果绘制，绘制stack_assoc 共定位结果绘制，绘制stack_assoc，脚本来源：https://github.com/jrs95/geni.plots/blob/main/R/fig_region.R

Usage,

coloc_plot_stack_assoc(
  files_path = "",
  traits = NULL,
  bfile = "",
  genome = "hg38",
  plink_exe = get_plink_exe(),
  snp = "common_top_snp",
  out_path = "./",
  out_prefix = "stack_assoc",
  width = NULL,
  height = NULL,
  dpi = 500
)

参数

files_path

coloc_analysis过程中生成的用于绘图的_plot.txt文件（需要包含SNP,pval,beta,se,chr和pos）

traits

图表数据别名

bfile

用于计算连锁不平衡r的bfile文件（计算r，而不是r2）。需要选择与GWAS研究队列相同的人群，比如欧洲人群的bfile文件。

genome

提取坐标轴信息的参考基因组信息，默认是hg38。可以是hg37(或37)或者hg38(或38)。

plink_exe

plink默认内置最新plink即可。

snp

绘图时标注的snp，默认是'common_top_snp',即在两个绘图gwas文件中，满足p值相加最小的一个，即min(p1+p2)对应的rsid。 可以是'commo_top_snp',或'top_snp'。'top_snp'指的是，在两个gwas数据中，分别是p值最小的top snp。

out_path

输出文件的地址

out_prefix

输出文件前缀

width

绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是A4纸的宽度，210mm。

height

绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是：60+60*GWAS数量。

dpi

绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。

值

绘图pdf

Examples

coloc_plot_stack_assoc(
files_path = c("eqtl-a-ENSG00000113161_coloc_5-73632154-75657929_plot.txt",
                 "ieu-a-7_coloc_5-73632154-75657929_plot.txt"),
  genome = "hg38",
  bfile = "z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR")