Gwas共定位基因区域选择 — coloc_select_region

在进行gwas-gwas数据共定位分析之前，需要指定特定区域的snp数据用于共定位分析。对于gwas-gwas的共定位分析，一般选取对应lead snp上下游区域50kb范围内。也可以参考其他高分文章中的做法进行选取。其中lead snp指的是选定范围内，最显著的snp。

Usage,

coloc_select_region_gwas(
  file_path = "",
  exp_p = 5e-08,
  up_num = 50000,
  down_num = 50000,
  clump = T,
  clump_kb = 10000,
  clump_r2 = 0.001,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  bfile = "",
  out_path = "./",
  out_prefix = "gwas"
)

参数

file_path: 用于共定位分析，其中一个GWAS数据的文件地址。该文件需要经过标准流程处理，为mr分析的标准数据文件。
exp_p: 指定与GWAS研究性状相关的p值的阈值，默认是5e-8。通过该阈值，筛选与性状显著相关的snp。
up_num: 指定lead snp上游碱基的数量，默认是50kb
down_num: 指定lead snp下游碱基的数量，默认是50kb
clump: 是否对本地数据进行clump
clump_kb: 如果clump=T, 同clumpd函数中的clump_kb
clump_r2: 如果clump=T, 同clumpd函数中的clump_r2
plink_exe: plink，默认内置最新plink工具。
bfile: 如果clump=T, bfile指定参考文件的位置
out_path: 指定输出文件的地址
out_prefix: 指定输出文件的文件名前缀

值

共定位研究的染色体区域文件

Examples

coloc_select_region_gwas(file_path = "./data/ieu-a-300.txt" ,
exp_p = 5e-08,
up_num = 5e4,
down_num = 5e4,
clump = T,
clump_kb = 10000,
clump_r2 = 0.001 ,
plink_exe = get_plink_exe(),
bfile = "./data/1kg.v3/1kg.v3/EUR",
out_path = "./",
out_prefix = "gwas")