多组学染色体位图

smr程序默认的是探究mQTL1-eQTL-GWAS的smr分析，所以当探究mQTL1-pQTL-GWAS或者eQTL1-pQTL-GWAS的smr分析的时候， 可以统一看成是QTL1-QTL2-GWAS的smr分析。QTL1对应的是xQTL层；QTL2对应的是eQTL层，GWAS对应的是GWAS层。 脚本来源：https://github.com/wuyangf7/OPERA/blob/main/demo/plot/plot_OmicsSMR_xQTL.r

Usage,

smr_plot_omics(
  data = "",
  eprobeNEARBY = NULL,
  mprobeNEARBY = NULL,
  esmr_thresh,
  esmr_thresh_plot = NULL,
  msmr_thresh,
  msmr_thresh_plot = NULL,
  m2esmr_thresh = 1,
  esmr_heidi = 0.01,
  msmr_heidi = 0.01,
  m2esmr_heidi = 0,
  window = 500,
  pointsize = 20,
  max_anno_probe = 10,
  ASO = TRUE,
  max_plot_mprobe = 4,
  epi_plot = FALSE,
  anno_methyl = TRUE,
  anno_self = TRUE,
  anno_dist = 1.05,
  highlight = NULL,
  trait_name = NULL,
  annoSig_only = TRUE,
  rmDNAm = FALSE,
  funcAnnoFile = NULL,
  pdf = F,
  height = 6,
  width = 8,
  out_path = "./",
  out_prefix = "my"
)

参数

data

smr_plot_omics_prepare输出的数据

eprobeNEARBY

eQTL层，用于作图的探针id(最高优先级，如指定探针后，仅绘图其对应探针的曼哈顿图)

mprobeNEARBY

xQTL层，用于作图的探针id(最高优先级，如指定探针后，仅绘图其对应探针的曼哈顿图)

esmr_thresh

探究QTL1-QTL2-GWAS的smr分析，这里可以理解为QTL2-GWAS的smr分析显著性阈值。

esmr_thresh_plot

eQTL层，是否当探针对应的smr分析达到显著性阈值进行作图。当esmr_thresh_plot=NULL的时候，阈值与esmr_thresh一致。

msmr_thresh

探究QTL1-QTL2-GWAS的smr分析，这里可以理解为QTL1-GWAS的smr分析显著性阈值。

msmr_thresh_plot

xQTL层，是否当探针对应的smr分析达到显著性阈值进行作图。当msmr_thresh_plot=NULL的时候，阈值与msmr_thresh一致。

m2esmr_thresh

探究QTL1-QTL2-GWAS的smr分析，这里可以理解为QTL1-QTL2的smr分析显著性阈值。

esmr_heidi

探究QTL1-QTL2-GWAS的smr分析，这里可以理解为QTL2-GWAS的HEIDI检验显著性阈值，默认为0.01。

msmr_heidi

探究QTL1-QTL2-GWAS的smr分析，这里可以理解为QTL1-GWAS的HEIDI检验显著性阈值，默认为0.01。

m2esmr_heidi

探究QTL1-QTL2-GWAS的smr分析，这里可以理解为QTL1-QTL2的HEIDI检验显著性阈值，默认为0。

window

绘图的染色体区间

pointsize

纵坐标对应标题字体的大小，默认为20。

max_anno_probe

GWAS/SMR层，最大注释的探针数量（包括QTL1和QTL2对应的探针），默认是10

ASO

ASO=T,必须有达到SMR分析显著性阈值的探针。默认为T。

max_plot_mprobe

xQTL层，最大绘制的mQTL探针数量，默认为4。

epi_plot

是否绘制细胞和组织的富集结果，默认为F。

anno_methyl

GWAS/SMR层，对甲基化探针进行注释，默认为TRUE。

anno_self

GWAS/SMR层，探针注释的方式，默认为T。可设置为T或者F,查看两种方式的异同。

anno_dist

GWAS/SMR层，探针注释字体的高度，默认为1.05。

highlight

需要突出展示的SNP，该SNP需要在作图的GWAS数据中。默认为NULL。

trait_name

用于标注的GWAS数据对应的形状名称，默认是NULL。

annoSig_only

是否仅注释满足smr分析达到显著性，且HEIDI检验满足显著性的探针

rmDNAm

是否移除xQTL层对应的图。当xQTL层对应甲基化数据的时候，则移除甲基化探针对应的QTLs图层。

funcAnnoFile

当epi_plot=T的时候，需要提供funcAnnoFile对应的文件地址：funcAnno.RData

pdf

是否输出pdf文件，默认为F。可先在plots预览处查看，达到满意的效果后再输出pdf文件。

height

pdf的图片高度，默认为6

width

pdf的图片宽度，默认为8

out_path

pdf的输出路径

out_prefix

pdf的前缀

Examples

smr_plot_omics(
  data = omics_data,
  window = 200,
  esmr_thresh=1E-6,
  msmr_thresh=1e-3,
  max_anno_probe = 2,
  eprobeNEARBY=c("ENSG00000116288"),
  mprobeNEARBY=c("cg11518359"),
  pdf = T,
  width = 10,
  out_path = "./results/qtl2qtl2gwas/plot/",
  out_prefix = "omics_plot")