提取dice-database eQTL文件数据并转化为共定位文件

将https://dice-database.org/downloads 下载的eqtl文件，根据基因ID或基因名提取数据或P值筛选 转为共定位文件

Usage,

coloc_prepare_dice(
  file_path,
  gene = NULL,
  samplesize = NA,
  gene_annotation = Ensembl_GRCh37,
  out_path = "./",
  out_prefix = "dice"
)

参数

file_path

dice-database eQTL文件数据(.vcf.gz)的文件地址

gene

基因ID或基因名，可以多个

samplesize

样本量

gene_annotation

基因信息，默认Ensembl_GRCh37，可选Ensembl_GRCh37或Ensembl_GRCh38

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作目录

out_prefix

输出文件前缀

值

输出筛选解析的文件

Examples

coloc_prepare_dice(file_path = "./data_raw/B_CELL_NAIVE.vcf.gz",
              gene = c("ENSG00000131584","ACAP3"),
            out_path = "./data_prepare")