准备顺式和反式区域xqtls

准备顺式和反式区域xqtls

Usage,

prepare_xqtls(
  file_path = "",
  p_sig = 1e-05,
  gene = "",
  gene_annotation = Ensembl_GRCh37,
  up_num = 1e+06,
  down_num = 1e+06,
  trans_keep = F,
  out_path = "./",
  out_prefix = "gene"
)

参数

file_path

标准化的mr输入文件，可以是一个或者多个

p_sig

确定显著性的p阈值，默认为p_sig=1e-3

gene

输入标准文件对应的基因名，可以是一个或者多个，和file_path中的GWAS文件一一对应。

gene_annotation

用于注释基因的基因注释数据，可以使用R包自带的Ensembl_GRCh37或者Ensembl_GRCh38。默认Ensembl_GRCh37。

up_num

基因上游碱基数量，用于确定基因的顺式区域。默认为1e6。

down_num

基因下游碱基数量，用于确定基因的顺式区域。默认为1e6。

trans_keep

是否保留反式区域SNP,默认trans_keep = T

out_path

输出文件的路径

out_prefix

输出文件的前缀，默认为gene

值

返回查询结果，输出到指定文件。

Examples