可视化，绘制Manhattan图

Usage,

visualization_manhattan(
  data_input = "",
  exposure_col = "exposure",
  outcome_col = "outcome",
  category_col = "category",
  pval_col = "pval",
  beta_col = "b",
  pval_cut_off = 0.001,
  fill_color = palette()[2:7],
  point_size = 1,
  text_size = 3,
  text_color = "black",
  geom_hline_color = "#990000",
  geom_hline_linetype = "dashed",
  annotate_position_x = 15,
  xlab = "",
  ylab = "-log10(Pvalue)",
  title = "",
  width = 210,
  height = 120,
  pdf_out = F,
  out_path = "./",
  out_prefix = "my"
)

参数

data_input: 用于绘制Manhattan的数据，为data.frame的形式
exposure_col: data_input中，exposure对应的列名，默认为"exposure"
outcome_col: data_input中，outcome对应的列名，默认为"outcome"
category_col: data_input中，结局分类数据对应的列名，默认为"category"
pval_col: data_input中，pval对应的列名，默认为"pval"
beta_col: data_input中，beta对应的列名，默认为"b"
pval_cut_off: 绘制pval的显著性水平注释，指定显著性水平，默认为0.001
fill_color: 用于绘制不同暴露数据的点的颜色
point_size: 用于绘制不同暴露数据的点的大小，默认为1
text_size: 用于图中注释的文字大小，默认为3
text_color: 用于图中注释的文字颜色，默认为“black”
geom_hline_color: 绘制pval的显著性水平注释的线条颜色，默认为"#990000"
geom_hline_linetype: 绘制pval的显著性水平注释的线性，默认为虚线"dashed"
annotate_position_x: 绘制pval的显著性注释，文字标注的x轴位置。
xlab: x轴的标题
ylab: y轴的标题
title: 图片的大标题
width: 输出pdf文件的宽度，默认为210mm
height: 输出pdf文件的高度，默认为120mm
pdf_out: 是否输出pdf文件，默认为F。可用返回的图片进行微调之后，再进行输出pdf文件。
out_path: 输出pdf文件的路径
out_prefix: 输出pdf文件的文件名前缀,默认为“my”。

值

Manhattan图

Examples

data <- data.table::fread("./table_s2_mr_results(mapped).csv",data.table = F)
visualization_manhattan(data_input = data,pdf_out = T ,out_path = "./test/")