fusion聚合柯西关联检验

聚合柯西关联检验，ACAT-O是一种综合检验，可以将多个检验的p值与同一原假设组合在一起，该检验采用变换后的p值的线性组合作为检验统计量。 ACAT-O方法是一种通用的统计方法，适用于将相关的p值（例如与多个组织的相关转录组数据生成的p值）进行汇总。

  • 可以参考sCCA+ACAT TWAS流程对应的代码完成，地址：https://github.com/fenghelian/sCCA-ACAT_TWAS/blob/main/compute_acatP.r。R包中使用的代码参考sCCA+ACAT TWAS流程。

  • 也可以使用sumFREGAT R包中的ACATO()函数完成。如sumFREGAT::ACATO(p = c())。

Usage,
fusion_acatP(
  file_path = NULL,
  col_pval = "TWAS.P",
  col_gene = "ID",
  col_panel = "PANEL",
  out_path = "./",
  out_prefix = "fusion"
)

参数

file_path

需要进行聚合柯西关联检验的fusion TWAS结果文件

out_path

输出文件路径，默认为“./”

out_prefix

输出文件前缀，默认为“compute_acatP”。

值

返回聚合柯西关联检验结果

Examples

fusion_acatP(file_path = c("./results/sCCA1.pos_summary.csv",
"./results/sCCA2.pos_summary.csv",
"./results/sCCA3.pos_summary.csv"))