批量共定位分析，GWAS与GWAS — coloc_batch

GWAS数据（非QTLs数据），结合疾病GWAS数据，可一次性批量完成多个GWAS和疾病GWAS的共定位分析。注意，用于批量共定位分析的GWAS数据的研究性状需保持一致，如连续性性状，且对应的样本数量应保持一致。如不能满足该条件，建议重复执行该代码。

Usage,

coloc_batch_gwas(
  gwas_path1 = NULL,
  trait1 = NULL,
  gwas_path2 = NULL,
  trait2 = NULL,
  exp_p = 5e-08,
  up_num = 50000,
  down_num = 50000,
  clump = T,
  clump_kb = 10000,
  clump_r2 = 0.001,
  chrompos = NULL,
  prepare_method = 1,
  type1 = "quant",
  SS1 = 0,
  NC1 = 0,
  type2 = "quant",
  SS2 = 0,
  NC2 = 0,
  snp_deduplication_by = "maf",
  run_coloc_susie = F,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  bfile = "",
  coloc_plot = T,
  coloc_plot_pph4 = 0.6,
  coloc_plot_genome = "hg37",
  coloc_plot_snp = "common_top_snp",
  coloc_plot_width = NULL,
  coloc_plot_height = NULL,
  coloc_plot_dpi = 500,
  out_path = "./"
)

参数

gwas_path1: 分析中用到的GWAS文件，为经过处理的MR分析标准输入文件。可以是一个，或者多个输入文件。
trait1: gwas1作图性状名,如有多个gwas文件需要一一对应
gwas_path2: 指定疾病或者其他性状GWAS数据的文件地址，该文件必须是经过处理的MR分析输入标准文件
trait2: gwas2作图性状名
exp_p: 与第一个GWAS研究被参考，选择与GWAS显著相关的snp，默认为p<5e-8。
up_num: 指定top snp的上游碱基范围，一般默认是top snp上下游50kb（50000）碱基范围。
down_num: 指定top snp的下游碱基范围，一般默认是top snp上下游50kb（50000）碱基范围。
clump: 是否进行clump处理，选择独立显著的snp，默认为T。
clump_kb: 当clump = T，默认clump_kb = 10000。
clump_r2: 当clump = T，默认clump_r2 = 0.001。
chrompos: 如指定共定位区域，不在进行自动选择共定位区域。提取数据的特定区域SNPs数据，如2:26496839-28523684
prepare_method: 用于准备coloc分析和coloc作图数据的方法，1或者2，默认1。方法1是按照染色体区域进行选择SNP，需要满足GWAS1与GWAS2的参考基因组版本均为hg19或者hg38; 方法2是按照SNP的rsid选择SNP，以GWAS1的染色体坐标为参考，不使用GWAS2的chr和pos信息。
type1: GWAS1研究的数据类型，可以是数量性状"quant"，也可以是二分类性状"cc"。
SS1: GWAS1研究中的样本总数。SS是sample size的缩写.
NC1: 如果GWAS1研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
type2: GWAS2研究的数据类型，数量性状"quant"或二分类性状"cc"，默认为“cc”。
SS2: GWAS2研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
NC2: 如果GWAS2研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
snp_deduplication_by: 如果snp的rsid存在重复，按照"pval"或者"maf"去重。如果按照"pval"去重，则保留pval最小的一个；按照"maf"去重，则保留maf最大的一个。默认按照"maf"去重。
run_coloc_susie: 是否进行coloc.susie共定位分析，默认F。
plink_exe: plink默认内置最新plink即可。
bfile: 如果run_coloc_susie=T，需要提供bfile文件，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
coloc_plot: 是否绘制coloc共定位的图，包括coloc_plot_locuscompare和coloc_plot_stack_assoc，默认为T。
coloc_plot_pph4: 当coloc_plot = T的时候，共定位分析中pph4达到多少的时候可绘制coloc共定位图，默认是0.6。
coloc_plot_genome: 当coloc_plot = T的时候，提取坐标轴信息的参考基因组信息，默认是hg37。可以是hg37(或37)或者hg38(或38)。
coloc_plot_snp: 当coloc_plot = T的时候，绘图时标注的snp，默认是'common_top_snp',即在两个绘图gwas文件中，满足p值相加最小的一个，即min(p1+p2)对应的rsid。可以是'common_top_snp',或'top_snp'。'top_snp'指的是，在两个gwas数据中，分别是p值最小的top snp。
coloc_plot_width: 当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是A4纸的宽度，210mm。
coloc_plot_height: 当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是：60+60*GWAS数量。
coloc_plot_dpi: 绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。
out_path: 指定输出文件的目录

值

输出共定位分析结果文件

Examples

coloc_batch_gwas(
gwas_path1 = c("./data_clean/GCST90200392_buildGRCh38.txt",
 "./data_clean/GCST90199989_buildGRCh38.txt.gz",
 "./data_clean/GCST90200343_buildGRCh38.txt",
 "./data_clean/GCST90199735_buildGRCh38.txt.gz"),
 gwas_path2 = "./data_clean/30598549-GCST006979-EFO_0009270.h.txt",
 bfile = "./1kg.v3/EUR",
 type1 = "quant",
 SS1 = 8128,
 type2 = "quant",
 NC2 = 426824)