提取onek1k eQTL文件数据并转化为MR标准文件

将https://onek1k.org/ 下载的eqtl文件，根据基因ID或基因名提取数据或P值筛选或细胞

Usage,

prepare_onek1k(
  file_path,
  pval = 1e-05,
  gene = NULL,
  cell = NULL,
  cell_gene = NULL,
  samplesize = NA,
  out_path = "./",
  out_prefix = "onek1k"
)

参数

file_path

eqtl(.tsv.gz)的文件地址

pval

筛选的p值，如果是输入1则提取文件中所有数据，并读取到R中处理，如电脑内存较小，建议根据需求筛选p值

gene

基因ID或基因名，可以多个

cell

细胞ID，可以多个

cell_gene

细胞ID与基因ID（基因名）拼接数据，可以多个，形如：cd8nc_ENSG00000131584或cd8nc_ACAP3

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作目录

out_prefix

输出文件前缀

值

输出筛选解析的文件

Examples

prepare_onek1k(
            file_path = "./data_raw/eqtl_table.tsv.gz",
            pval = 1e-5,
            gene = c("ENSG00000131584","ACAP3"),
            out_path = "./data_prepare")