GWAS数据取交集,提取SNP及P值 — postgwas_sig_snp

进行数据合并，输入数据来源于函数postgwas_sig_snp_cpassoc()、 postgwas_sig_snp_mtag()或者postgwas_sig_snp_gwas()。多个文件间通过SNP进行合并，保留第一个输入文件中的SNP、SNP注释信息及P值，其他数据保留SNP及P值。

Usage,

postgwas_sig_snp_merge(
  sig_snp_files,
  traits,
  sig_pval = 5e-08,
  out_path = "./",
  out_prefix = "t1_t2"
)

参数

sig_snp_files: 多个来源的文件，必须是2个及以上。
traits: 必须与sig_snp_files一一对应，为对应的性状名，或者其他注释（便于自己理解即可）。
sig_pval: 筛选的显著性阈值，默认为5e-8。在函数postgwas_sig_snp_gwas()、postgwas_sig_snp_mtag()、postgwas_sig_snp_cpassoc() 初步预筛选时，可先设置较大阈值，然后通过此函数函数阈值再进行筛选合并取交集，节约处理时间
out_path: 输出文件的路径
out_prefix: 输出文件的前缀

Examples

postgwas_sig_snp_merge(sig_snp_files  = c("AAA_MI_SHet_SHom_method3_sig_snp_cpassoc.txt",
"AAA_MI_hg19_avsnp151_腹主动脉瘤meta-AAAgen-final-sumstat_sig_snp_mtag.txt",
"AAA_MI_hg19_avsnp151_腹主动脉瘤meta-AAAgen-final-sumstat_sig_snp_gwas.txt",
"AAA_MI_心肌梗死GCST011364.h_sig_snp_gwas.txt"),
traits =c("cpassoc","mtag","gwas1","gwas2") ,
out_path ="./3_meta_mtag_cpassoc/AAA_MI",
out_prefix = "AAA_MI")