GWAS数据筛选SNP — postgwas_sig_snp

处理gwas数据，根据显著性p值筛选SNP。

Usage,

postgwas_sig_snp_gwas(
  file_paths,
  sig_less_than = 5e-08,
  sig_more_than = 0,
  out_path = "./",
  out_prefix = "gwas"
)

参数

file_paths: 多个gwas数据文件路径，必须是MR标准格式文件
sig_less_than: 默认为5e-8，即获取显著性p<5e-8的SNP。
sig_more_than: 默认为0，即获取显著性p>0的SNP。
out_path: 输出文件夹
out_prefix: 输出文件前缀

Examples

gwas <- postgwas_sig_snp_gwas(
  file_paths = c("E:/data/hyprcoloc/hg19_avsnp151_腹主动脉瘤meta-AAAgen-final-sumstat.txt",
                 "E:/data/hyprcoloc/冠心病GCST90132315.h.txt",
                 "E:/data/hyprcoloc/心肌梗死GCST011364.h.txt"),
  out_path = "./sig_snp"
)