精细映射，简化版

一种简化的精细映射方法，仅需汇总统计数据。它只映射主要信号，并使用平坦先验和最陡下降近似法。 代码来源：https://github.com/hailianghuang/FM-summary/blob/master/getCredible.r

Usage,

postgwas_fine_mapping(
  file_path,
  chrompos,
  bfile,
  R2_threshold = 0.4,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  col_snp = "SNP",
  col_chr = "chr",
  col_pos = "pos",
  col_pval = "pval",
  out_path = "./",
  out_prefix = "FM"
)

参数

file_path

文件地址，标准的MR格式或者其他格式，包含SNP，chr，pos，pval即可

chrompos

筛选的区域，可以是1个或多个，形式如"15:78028120-80028120"。

bfile

参考文件,需要写到文件名前缀。如"E:/data/1kg.v3/EUR"。

R2_threshold

R2筛选阈值，默认为0.4。

plink_exe

plink 可执行plink文件。

col_snp

输入文件中SNP对应的列名，默认为"SNP”。

col_chr

输入文件中chr对应的列名，默认为"chr”。

col_pos

输入文件中pos对应的列名，默认为"pos”。

col_pval

输入文件中pval对应的列名，默认为"pval”。

out_path

输出文件地址

out_prefix

输出文件前缀

值

输出文件地址

Examples

dat <-postgwas_fine_mapping(
  file_path = "E:/data_prepare/finngen_R11_M13_SPINSTENOSIS.txt",
  region = c("15:78028120-80028120",
             "15:78124475-80124475"),
  bfile="E:/data/1kg.v3/EUR",
  out_path="./test"
)