coloc共定位分析 — coloc_analysis • DrugTargetMR

coloc共定位分析

Usage,

coloc_analysis(
  gwas_path1 = "",
  type1 = "quant",
  SS1 = 0,
  NC1 = 0,
  gwas_path2 = "",
  type2 = "cc",
  SS2 = 0,
  NC2 = 0,
  snp_deduplication_by = "maf",
  run_coloc_susie = F,
  bfile = "",
  plink_exe = get_plink_exe(),
  out_path = "./",
  out_prefix = "qtls-gwas"
)

参数

gwas_path1: 用于共定位分析的GWAS1数据，数量性状的GWAS研究或二分类性状的GWAS研究。需要通过prepare_coloc_gwas()或者prepare_coloc_decode()预处理。
type1: GWAS1研究的数据类型，可以是数量性状"quant"，也可以是二分类性状"cc",默认为“quant”。
SS1: GWAS1研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
NC1: 如果GWAS1研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
gwas_path2: 用于共定位分析的GWAS2数据，数量性状的GWAS研究或二分类性状的GWAS研究。需要通过prepare_coloc_gwas()或者prepare_coloc_decode()预处理。
type2: GWAS2研究的数据类型，数量性状"quant"或二分类性状"cc"，默认为“cc”。
SS2: GWAS2研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
NC2: 如果GWAS2研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
snp_deduplication_by: 如果snp的rsid存在重复，按照"pval"或"maf"去重，默认"maf"。如果按照"pval"进行去重，则保留pval最小的一个；按照"maf"进行去重，去保留maf最大的一个。默认按照"maf"进行去重。
run_coloc_susie: 是否进行coloc.susie共定位分析，默认F。
bfile: 需要提供bfile文件，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
plink_exe: plink默认内置最新plink即可。
out_path: 指定输出文件的目录
out_prefix: 指定输出文件的前缀,默认为qtls-gwas

值

coloc共定位分析结果文件及文件相关路径

Examples

coloc_analysis(gwas_path1 = "./data_prepare/qtls_GCKR_coloc_2-25496839-29523684.txt" ,
type1 = "quant",
SS1 = 35559,
NC1 = 0,
gwas_path2 = "./data_prepare/finngen_R8_T2D_WIDE_coloc_2-25496839-29523684.txt" ,
type2 = "cc",
SS2 = 284971,
NC2 = 33043 ,
run_coloc_susie = T,
bfile = "./data/1kg.v3/1kg.v3/EUR",
out_path = "./",
out_prefix = "qtls-gwas")