批量共定位分析，eqtlgen与GWAS

Usage,

coloc_batch_eqtlgen(
  expusures_ieu = NULL,
  exposure_local = NULL,
  outcomes_ieu = NULL,
  outcomes_local = NULL,
  eqtlgen_annotation = Ensembl_GRCh37,
  eqtlgen_cis_wind = 1e+06,
  prepare_method = 1,
  type1 = "quant",
  SS1 = 31684,
  NC1 = 0,
  type2 = "cc",
  SS2 = 0,
  NC2 = 0,
  snp_deduplication_by = "maf",
  run_coloc_susie = F,
  bfile = "",
  plink_exe = get_plink_exe(),
  coloc_plot = T,
  coloc_plot_pph4 = 0.6,
  coloc_plot_genome = "hg37",
  coloc_plot_snp = "common_top_snp",
  coloc_plot_width = NULL,
  coloc_plot_height = NULL,
  coloc_plot_dpi = 500,
  out_path = "./"
)

参数

expusures_ieu: 提供ieu数据库中eqtlgen来源的id，可以是基因ensemble id（如ENSG00000113161）或者eqtl-a-开头的id（如eqtl-a-ENSG00000116288）,可以是一个或者多个。
exposure_local: 提供eqtlgen来源的本地数据。该文件为ieu网站下载的eqtlgen原始数据，如eqtl-a-ENSG00000116288.vcf.gz，可以是一个或者多个。
outcomes_ieu: 结局是否是从ieu在线数据库提取，如果是，请提供ieu中的结局id，如 "ieu-a-7"。
outcomes_local: 结局是否是本地数据，如果是，请提供地址。该文件必须是经过处理的MR分析标准文件
eqtlgen_cis_wind: 指定id基因范围的顺式区域，默认是基因上下游的1mb范围。
prepare_method: 用于准备coloc分析和coloc作图的方法，1或者2，默认1。方法1是按照染色体区域进行选择SNP，需要满足GWAS1与GWAS2的参考基因组版本均为hg19或者hg38; 方法2是按照SNP的rsid选择SNP，以GWAS1的染色体坐标为参考，不使用GWAS2的chr和pos信息。
type1: 基因eQTLs研究的类型，默认是quant。
SS1: 基因eQTLs研究中用到的样本量，默认是31684。参考文献：Võsa U, Claringbould A, Westra HJ, et al. Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression. Nat Genet. 2021;53(9):1300-1310. doi:10.1038/s41588-021-00913-z
NC1: 基因eQTLs研究中case的数量，默认为0。
type2: GWAS2研究的数据类型，数量性状"quant"或二分类性状"cc"，默认为“cc”。
SS2: GWAS2研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
NC2: 如果GWAS2研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
snp_deduplication_by: 如果snp的rsid存在重复，按照"pval"或者"maf"去重。如果按照"pval"去重，则保留pval最小的一个；按照"maf"去重，则保留maf最大的一个。默认按照"maf"去重。
run_coloc_susie: 如果GWAS2研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
bfile: 如果run_coloc_susie=T，需要提供bfile文件，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
plink_exe: 如果run_coloc_susie=T，plink默认内置最新plink即可。
coloc_plot: 是否绘制coloc共定位的图，包括coloc_plot_locuscompare和coloc_plot_stack_assoc，默认为T。
coloc_plot_pph4: 当coloc_plot = T的时候，共定位分析中pph4达到多少的时候可绘制coloc共定位图，默认是0.6。
coloc_plot_genome: 当coloc_plot = T的时候，提取坐标轴信息的参考基因组信息，默认是hg37。可以是hg37(或37)或者hg38(或38)。
coloc_plot_snp: 当coloc_plot = T的时候，绘图时标注的snp，默认是'common_top_snp',即在两个绘图gwas文件中，满足p值相加最小的一个，即min(p1+p2)对应的rsid。可以是'commo_top_snp',或'top_snp'。'top_snp'指的是，在两个gwas数据中，分别是p值最小的top snp。
coloc_plot_width: 当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是A4纸的宽度，210mm。
coloc_plot_height: 当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是：60+60*GWAS数量。
coloc_plot_dpi: 绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。
out_path: 指定输出文件的目录

值

输出共定位分析结果文件

Examples

coloc_batch_eqtlgen(exposure_local= c("./data_raw/eqtlgen/eqtl-a-ENSG00000116288.vcf.gz","./data_raw/eqtlgen/eqtl-a-ENSG00000122873.vcf.gz"),
                    outcomes_local = "./data_prepare/ieu-a-31.txt",
                    type1 = "quant",
                    SS1 = 31684,
                    NC1 = 0,
                    type2 = "cc",
                    SS2 = 34652,
                    NC2 = 12882 ,
                    bfile = "./data_ref/EUR",
                    out_path = "./"
                    )