smr查询目标探针probe，以用于smr和heidi检验

smr查询目标探针probe，以用于smr和heidi检验

Usage,

smr_query_probes(
  smr_exe_path = "",
  qtls_path = NULL,
  query_p = 5e-08,
  query_genes = NULL,
  query_cis_wind = 2000,
  query_chrompos = NULL,
  out_path = "./",
  out_prefix = "query"
)

参数

smr_exe_path

指定smr可执行文件的地址

qtls_path

指定qtls文件的地址,qtls_path用来指定提取snp数据的数据源。

query_p

用于查询snp的阈值p，满足小于值，则纳入。p值默认为5e-8。

query_genes

按照基因进行查询，指定用于查询探针的基因，也就说查询基因对应的探针qtls数据。

query_cis_wind

按照基因进行查询，指定基因顺式区域的范围。默认为2000kb。

query_chrompos

按照染色体区域进行查询，指定查询的染色体位置，碱基的起始位置。如：“1:38553001-240311676”。

out_path

指定输出文件的路径

out_prefix

指定输出文件的前缀

值

查询探针结果

Examples

smr_query_probes(
smr_exe_path = "./smr-1.3.1-win.exe",
qtls_path = "./cage_eqtl_data_lite_hg19/CAGE.sparse.lite",
query_genes = c("PARP10","PLEC","GRINA"),
out_path = "./"
)