根据SMR query output format制作BESD

根据SMR query output format制作BESD

Usage,

smr_make_besd_qfile(
  smr_exe_path = "",
  gwas_path = "",
  col_gene_id = "gene_id",
  gene_annotation_data = Ensembl_GRCh37,
  out_path = "./",
  out_prefix = "qfile"
)

参数

smr_exe_path

指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址

gwas_path

gwas数据，包含SNP,effect_allele,other_allele,eaf,beta,se,pval,chr,pos,gene_id。

col_gene_id

基因ID列名

gene_annotation_data

基因注释文件，默认为R包内置的Ensembl_GRCh37。 可使用Ensembl_GRCh37或Ensembl_GRCh38，或者自制的注释文件（列名需要与Ensembl_GRCh37一致）。

out_path

输出文件夹

out_prefix

输出前缀

Examples

smr_make_besd_qfile(
smr_exe_path = "./smr-1.3.1-win-x86_64/smr-1.3.1-win.exe"  ,
gwas_path = "./data/B_CELL_NAIVE1.txt" ,
col_gene_id = "gene_id" ,
gene_annotation_data = Ensembl_GRCh37
)