根据SNP匹配CHR和POS数据

根据SNP匹配CHR和POS数据

Usage,

transform_rsid2chrpos(
  file_path = "",
  perl_exe_path = "",
  convert2annovar_path = "",
  avsnpfile_path = "",
  out_path = "./"
)

参数

file_path

用于mr分析的标准数据文件路径,数据中需要包含列名：SNP,effect_allele,other_allele,eaf,beta,se,pval,samplesize,chr,pos。

perl_exe_path

perl脚本的perl.exe路径

convert2annovar_path

convert2annovar.pl的脚本路径

avsnpfile_path

使用到的参考数据文件地址。

out_path

指定输出结果的路径

值

已匹配数据

Examples

transform_rsid2chrpos(file_path = "./Cross-disorders/CD.txt",
perl_exe_path = "e:/Strawberry/perl/bin/perl.exe",
convert2annovar_path = "e:/annovar.latest.tar/annovar/convert2annovar.pl",
avsnpfile_path = "y:/data_ref/ANNOVAR/hg19_avsnp150.txt",
out_path = "./")