基于SMR分析用的QTLs数据，准备QTLs的MR分析输入文件

基于SMR分析用的QTLs数据，准备QTLs的MR分析输入文件

Usage,

smr_query(
  smr_exe_path = "",
  qtls_path = "",
  query_probe = "",
  query_p = 1,
  cis_wind = 1000,
  out_path = "./",
  out_prefix = "query"
)

参数

smr_exe_path

指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址

qtls_path

指定qtls文件的地址,qtls_path用来指定提取snp数据的数据源,可以是任何来源的smr分析格式数据(未经过p<1e-5筛选)。包括:.esi;.epi;.besd文件。

query_probe

指定用于查询的探针id

query_p

用于查询qtls数据的p值，默认为1

cis_wind

以探针为中心的窗口选择顺式QTL

out_path

指定输出文件的目录

out_prefix

指定输出文件的前缀,默认为query

值

返回MR分析的标准输入文件

Examples

smr_query(smr_exe_path = "./smr-1.3.1-win.exe",
qtls_path = "./cis-eQTL-SMR_20191212/cis-eQTLs-full_eQTLGen_AF_incl_nr_formatted_20191212.new.txt_besd-dense",
query_probe = c("ENSG00000116288","ENSG00000233276"),
out_path = "./")