寻找eaf数据，基于1000基因组项目

寻找eaf数据，基于1000基因组项目

Usage,

get_eaf_from_g1000(
  mr_data_path,
  perl_exe_path,
  annotate_variation_path,
  ref_genome = "hg19",
  g1000_eaf_path,
  pop = "EUR",
  out_path = "./"
)

参数

mr_data_path

用于mr分析的标准数据路径,数据中需要包含列名：SNP,effect_allele,other_allele,eaf,beta,se,pval,samplesize,chr,pos。

perl_exe_path

执行perl脚本的perl.exe路径

annotate_variation_path

执行annovar annotate_variation.pl的路径

ref_genome

使用到的参考基因组，可以是hg19或者hg38，默认是hg19。

g1000_eaf_path

使用到的参考数据所在的文件夹

pop

指定population, 包括"AFR" "ALL" "AMR" "EAS" "EUR" "SAS"。 分别对应的意思是：ALL, AFR (African), AMR (Admixed American), EAS (East Asian), FIN (Finnish), NFE (Non-finnish European), OTH (other), SAS (South Asian)。 默认是EUR。

out_path

指定输出结果的地址，默认是当前工作路径"./"。

值

返回补齐之后的文件

Examples

get_eaf_from_g1000(mr_data_path = "./outcome_dat.txt",
perl_exe_path= "E:/Strawberry/perl/bin/perl.exe",
annotate_variation_path = "z:/soft/annovar/annotate_variation.pl",
ref_genome = "hg19",
g1000_eaf_path = "z:/soft/annovar/humandb/",
pop="EUR",
out_path = "./")