smr_qtl2qtl.Rd组学数据间的SMR分析，基于探针进行数据提取和SMR分析。组学数据包括：甲基化和基因表达和蛋白表达数据。
smr_qtl2qtl(
smr_exe_path = NULL,
bfile = NULL,
qtls_path1 = NULL,
probes_path1 = NULL,
qtls_path2 = NULL,
probes_path2 = NULL,
out_path = "./",
out_prefix = "qtl2qtl",
diff_freq = 0.2,
diff_freq_prop = 0.05,
maf = 0,
smr_cis_wind = 2000,
smr_peqtl = 5e-08,
smr_multi_snp = T,
smr_multi_set_wind = NULL,
smr_multi_ld_prune = 0.1,
heidi_method = 1,
heidi_peqtl = 0.00157,
heidi_ld_upper_limit = 0.9,
heidi_ld_lower_limit = 0.05,
heidi_min_m = 3,
heidi_max_m = 20,
thread_num = 1
)指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址
指定g1000参考基因组的文件地址，如欧洲人群数据:EUR.bed,EUR.bim,EUR.fam。指定到文件的前缀EUR即可。
指定qtls1文件的地址,用作暴露。如dna甲基化的smr-format数据，可以从smr官网数据下载LBC_BSGS_meta_lite。
指定从qtls_path1对应文件中提取的探针进行smr分析，默认为NULL，默认进行所有探针的SMR分析。说明，如果探究的是甲基化qtls，甲基化探针的数量很多，如果全部探针执行SMR分析耗时会长一些。
指定qtls2文件的地址,用作结局。如基因表达的smr-format数据，可以从smr官网下载或者eqtlgen官网下载。
指定从qtls_path2对应文件中提取的探针进行smr分析，默认为NULL，默认进行所有探针的SMR分析。
文件输出路径，默认当前路径
文件输出前缀，默认qtl2qtl
对等位基因频率进行质量控制，如果SNP的效应等位基因频率差异在两两配对的数据集中 (包括the LD reference sample, the eQTL summary data and the GWAS summary data) 的超过指定的差异阈值， 将排除该SNP。默认为0.2。
SMR分析中，允许具有等位基因频率差异的的SNP的最大比例。如果由diff_freq排除的SNP比率大于diff_freq_prop指定的阈值，SMR分析将停止（提示错误信息）。默认值为0.05。
根据参考样本中的次要等位基因频率 （MAF） 阈值去除 SNP，默认值为0。maf的取值范围在0-0.5。
SMR分析中，定义一个以探针为中心的染色体范围，以选择cis-eQTL（通过p值阈值）进行SMR分析。默认值为 2000Kb。
SMR分析中，筛选用于SMR分析的top显著相关QTL（如eQTL）的p值，默认为5.0e-8。
是否进行基于多个SNP的smr分析，默认为T。反之则使用top snp进行SMR分析。
当smr_multi_snp=T的时候，选定基于多个snp进行SMR分析的基因区域，定义最显著cis-QTL为中心的染色体区域。 默认是选择smr_cis_wind内所有的snp进行SMR分析，默认为NULL。反之，可进行自己指定，如500kb，写作500。
当smr_multi_snp=T的时候，去除纳入SMR分析的QTLs（如eQTL）中存在连锁不平衡的QTLs，默认值是0.1。
HEIDI检验中，指定一个方法进行HEIDI检验。0是最初的原始HEIDI检验，由Zhu et al (2016 Nature Genetics)提出； 1是新的HEIDI检验，模拟结果表明，使用cis-eQTL区域中排名前20位的SNP（按照p值进行排序）进行异质性测试，HEIDI测试的功效最初增加，但随着SNP数量（m）的增加而降低，峰值在m = ~20。 默认值为 1。
HEIDI检验中，筛选用于HEIDI检验的QTL的p值，默认p值为1.57e-3，相当于卡方值 （df=1） 10。
HEIDI检验中，用于排除与top SNP存在显著连锁不平衡的QTL(如eQTL),默认值是0.9。
HEIDI检验中，用于排除与top SNP不存在连锁不平衡或者微弱连锁不平衡的QTL(如eQTL),默认值是0.05。
HEIDI检验中，使用顺式snp数量的最小数量，小于该阈值将不进行HEIDI检验。因为如果SNP的数量太少，HEIDI测试检测异质性的能力很小，并可能产生误导性的结果。默认值为3。
HEIDI检验中，使用顺式snp数量的最大数量，如果经过LD筛选后的cis-SNP的数量大于m，则仅使用前m个SNP进行HEIDI检验（按照QTL的p值进行排序），默认值为20。 筛选后的cis-SNP的数量大于m，则仅使用前m个SNP进行HEIDI检验（按照QTL的p值进行排序），默认值为20。
指定用于并行计算的 OpenMP 线程数。默认值为 1。
smr_qtl2qtl(
smr_exe_path = "./smr/smr-1.3.1-win.exe",
bfile ="./data/1kg.v3/EUR",
qtls_path1="./mQTLs/LBC_BSGS_meta_lite/bl_mqtl_lite_chr8",
probes_path1="./mqtl_chrompos.txt",
qtls_path2="./cage_eqtl_data_lite_hg19/CAGE.sparse.lite",
probes_path2="./query_genes.txt",
out_path = "./"
)