批量共定位分析，基于SMR分析的数据格式

Usage,

coloc_batch_smr(
  probes = "",
  smr_exe_path = "",
  qtl_path = "",
  query_p = 1,
  cis_wind = 1000,
  prepare_method = 1,
  type1 = "quant",
  SS1 = 0,
  NC1 = 0,
  gwas_path2 = "",
  type2 = "cc",
  SS2 = 0,
  NC2 = 0,
  snp_deduplication_by = "maf",
  run_coloc_susie = F,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  bfile = "",
  coloc_plot = T,
  coloc_plot_pph4 = 0.6,
  coloc_plot_genome = "hg37",
  coloc_plot_snp = "common_top_snp",
  coloc_plot_width = NULL,
  coloc_plot_height = NULL,
  coloc_plot_dpi = 500,
  out_path = "./"
)

参数

probes: 用于做共定位分析的探针名，可以是一个或者多个
smr_exe_path: 指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址
qtl_path: 指定qtls文件的地址目录，注意，这里写文件夹的地址即可。qtls_path用来指定提取snp数据的数据源,可以是任何来源的smr分析格式数据(未经过p<1e-5筛选)。包括:.esi;.epi;.besd文件。
query_p: 用于查询qtls数据的p值，默认为1。
cis_wind: 以探针为中心的窗口选择顺式QTL。如果是eQTL和pQTL，cis_wind可以是1000kb；如果是mQTL，cis_wind可以是500kb。
prepare_method: 用于准备coloc分析和coloc作图数据的方法，1或者2，默认1。方法1是按照染色体区域进行选择SNP，需要满足GWAS1与GWAS2的参考基因组版本均为hg19或者hg38; 方法2是按照SNP的rsid选择SNP，以GWAS1的染色体坐标为参考，不使用GWAS2的chr和pos信息。
type1: GWAS1研究的数据类型，可以是数量性状"quant"，也可以是二分类性状"cc"。这里处理的数据是qtls数据，所以为“quant”。
SS1: GWAS1研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
NC1: 如果GWAS1研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。这里处理的数据是qtls数据，该参数不用设置，保持默认NC1=0。
gwas_path2: 指定疾病或者其他形状GWAS数据的文件地址，该文件必须是经过处理的MR分析标准文件
type2: GWAS2研究的数据类型，数量性状"quant"或二分类性状"cc"，默认为“cc”。
SS2: GWAS2研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
NC2: 如果GWAS2研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
snp_deduplication_by: 如果snp的rsid存在重复，按照"pval"或者"maf"去重。如果按照"pval"去重，则保留pval最小的一个；按照"maf"去重，则保留maf最大的一个。默认按照"maf"去重。
run_coloc_susie: 是否进行coloc.susie共定位分析，默认F。
plink_exe: plink默认内置最新plink即可。
bfile: 如果run_coloc_susie=T，需要提供bfile文件，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
coloc_plot: 是否绘制coloc共定位的图，包括coloc_plot_locuscompare和coloc_plot_stack_assoc，默认为T。
coloc_plot_pph4: 当coloc_plot = T的时候，共定位分析中pph4达到多少的时候可绘制coloc共定位图，默认是0.6。
coloc_plot_genome: 当coloc_plot = T的时候，提取坐标轴信息的参考基因组信息，默认是hg37。可以是hg37(或37)或者hg38(或38)。
coloc_plot_snp: 当coloc_plot = T的时候，绘图时标注的snp，默认是'common_top_snp',即在两个绘图gwas文件中，满足p值相加最小的一个，即min(p1+p2)对应的rsid。可以是'common_top_snp',或'top_snp'。'top_snp'指的是，在两个gwas数据中，分别是p值最小的top snp。
coloc_plot_width: 当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是A4纸的宽度，210mm。
coloc_plot_height: 当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是：60+60*GWAS数量。
coloc_plot_dpi: 绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。
out_path: 指定输出文件的目录，默认为当前路径。

值

返回共定位分析的结果

Examples

coloc_batch_smr(probes =c("ENSG00000116288","ENSG00000122873"),
smr_exe_path = "./smr-1.3.1-win-x86_64/smr-1.3.1-win.exe",
qtl_path = "./data_smr/cis-eQTL-SMR_20191212/",
type1 ="quant",
SS1 =31684,
NC1=0,
gwas_path2 = "./data_prepare/ieu-a-31.txt",
type2 = "cc",
SS2 = 34652,
NC2 = 12882,
bfile = "./data_ref/EUR",
out_path = "./results/eqtl2gwas/coloc/")