可视化，绘制火山图

可视化，绘制火山图

Usage,

visualization_volcano(
  data_input = "",
  col_pval = "pval",
  col_effect_size = "or",
  col_label = "exposure",
  cut_off_pvalue = 0.05,
  cut_off_effect_size = 1,
  label_order = c("Neutral", "Inverse", "Positive"),
  label_color = c("#d2dae2", "orange", "red"),
  xlab = "effect size(OR)",
  ylab = "-log10 Pval",
  xaxis_trans = NULL,
  pdf_out = F,
  out_path = "./",
  out_prefix = "my",
  width = 210,
  height = 120
)

参数

data_input

用于绘制火山图的数据，为data.frame的形式

col_pval

data_input中，pval对应的列名，默认为"pval"

col_effect_size

data_input中，效应值对应的列名，默认为"or"

col_label

data_input中，文字注释标签对应的列名，默认为"exposure"，用于展示每个点对应的暴露名。

cut_off_pvalue

绘制火山图中，p值的显著性水平，默认为0.05

cut_off_effect_size

绘制火山图中，区分效应值方向的界值。如果是效应值为or，则对应的界值为1；如果效应值是beta，则对应的界值为0。

label_order

在绘图中，区分每个组的名字，默认是c("Neutral","Inverse","Positive")，可以修改为其他的标签，如c("None","Protective","Harmful")。 也就是通过cut_off_pvalue和cut_off_effect_size将点分为三组。使用过程中，label_order保持默认，修改自己想要设置的颜色即可。

label_color

对应label_order，展示每个组别的颜色，默认为 c("#d2dae2","orange","red")。使用过程中，label_order保持默认，修改自己想要设置的颜色即可。

xlab

x轴对应的标题，默认是"effect size(OR)"

ylab

y轴对应的标题，默认是"-log10 Pval"

xaxis_trans

是否对x轴进行变换，默认不进行转换。如将x轴进行log2或者log10转换等等。此参数设置同ggplot2的scale_x_continuous()中的trans。

pdf_out

是否输出pdf文件，默认为F。可用返回的图片进行微调之后，再进行输出pdf文件。

out_path

如果输出pdf文件，设置输出文件的路径,默认为当前文件夹。

out_prefix

如果输出pdf文件，设置输出文件的前缀,默认为"my"。

width

输出pdf文件的宽度，默认为210mm

height

输出pdf文件的高度，默认为120mm

值

火山图

Examples

data <- data.table::fread("./table_s2_mr_results(mapped).csv",data.table = F)
visualization_volcano(data_input = data,pdf_out = T ,out_path = "./test/")