提取dice-database eQTL文件数据并转化为MR标准文件

将https://dice-database.org/downloads 下载的eqtl文件，根据基因ID或基因名提取数据或P值筛选

Usage,

prepare_dice(
  file_path,
  gene = NULL,
  pval = 1e-05,
  samplesize = NA,
  out_path = "./",
  out_prefix = "dice"
)

参数

file_path

eqtl(.tsv.gz)的文件地址

gene

基因ID或基因名，可以多个

pval

筛选的p值，如果是输入1则提取文件中所有数据，并读取到R中处理，如电脑内存较小，建议根据需求筛选p值

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作目录

out_prefix

输出文件前缀

值

输出筛选解析的文件

Examples

prepare_dice(
   file_path = "./data_raw/B_CELL_NAIVE.vcf.gz",
   gene = c("ENSG00000131584","ACAP3"),
   pval = 1e-5,
   out_path = "./data_prepare")