使用magma进行基因和基因集分析

Usage,

postgwas_magma(
  magma_exe,
  gwas_path,
  bfile,
  col_samplesize = "samplesize",
  samplesize = NULL,
  geneloc_file,
  geneset_anno = F,
  geneset_file = NULL,
  genecovar_file = NULL,
  out_path = "./",
  out_prefix = "magma"
)

参数

magma_exe: magma.exe可执行文件的路径
gwas_path: gwas文件的路径
bfile: bfile文件的路径（含.bim,.bem.,.fam）,写三个文件共同的前缀即可。例如./EUR.bim、./EUR.bed和./EUR.fam，则写./EUR即可。
col_samplesize: 指明GWAS文件中samplesize的列名，默认为samplesize。
samplesize: 当GWAS文件中samplesize为NA的时候，可填写samplesize的数值。默认为NULL。
geneloc_file: 含基因位置信息的文件路径。包含
geneset_anno: 是否进行基因集分析，默认为F。
geneset_file: 含基因集的文件路径。
genecovar_file: 含基因表达水平基因集的文件路径。行对应基因，列对应要分析的变量（第一列包含基因ensemble id或者Entrez gene IDs）。
out_path: 输出文件的路径。
out_prefix: 输出文件的前缀。

值

返回magma分析的结果文件

Examples

postgwas_magma(
magma_exe = "e:/magma_v1.10_win/magma.exe",
gwas_path ="e:/data_prepare/ieu-a-30.txt",
bfile = "y:/data_ref/1kg.v3/EUR",
geneloc_file = "e:/magma_v1.10_win/MAGMA_gene_boundary_files/ENSGv110.coding.genes.txt",
geneset_anno = T,
geneset_file = "e:/magma_v1.10_win/Gene_set_files/MSigDB_20231Hs_MAGMA.txt",
genecovar_file = "e:/magma_v1.10_win/Gene_expression_files/gtex_v8_ts_avg_log2TPM_54tissues.txt",
out_path = "./test/MAGMA",
out_prefix = "magma")