Qtls共定位区域选择

在进行Qtls-gwas数据共定位分析之前,需要根据基因的位置选择共定位区域选择

Usage,

coloc_select_region_qtls(
  gene_chr = 1,
  gene_start = 0,
  gene_end = 0,
  up_num = 1e+06,
  down_num = 1e+06,
  out_path = "./",
  out_prefix = ""
)

参数

gene_chr

染色体

gene_start

基因起始位置

gene_end

基因结束位置

up_num

指定顺式区域的范围，一般默认是基因区域的上下游1mb(1e6)碱基范围。

down_num

指定顺式区域的范围，一般默认是基因区域的上下游1mb(1e6)碱基范围。

out_path

指定输出文件的目录

out_prefix

指定输出文件前缀

值

共定位区域

Examples

temp <- Ensembl_GRCh38[Ensembl_GRCh38$gene_name=="GCKR" ,]

coloc_select_region_qtls(
   gene_chr = temp$seqnames,
   gene_start = temp$start,
   gene_end = temp$end,
   up_num =1e6,
   down_num = 1e6,
   out_path = "./",
   out_prefix = "qtls_GCKR"
)