finngen数据库.gz文件,转换成mr smr标准文件

将finngen数据库下载的.gz文件 转换成mr分析.txt文件 转换成smr分析.ma文件

Usage,

prepare_finngen(
  file_path,
  out_path = "./",
  generate_mr = T,
  generate_smr = T,
  sample_size = NULL
)

参数

file_path

需要转换成mr和smr分析标准格式的finngen来源的.gz文件，可以是1个或者多个。

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作目录

generate_mr

是否同时输出用于mr分析的标准文件.txt，默认值为T

generate_smr

是否同时输出用于smr分析的标准文件.ma，默认值为T

sample_size

样本量，默认读取文件样本量，如填写，使用该样本量

值

输出mr标准格式的.txt文件在当前工作文件夹；输出smr标准格式的.ma文件在当前工作文件夹

Examples

# 单个文件预处理
prepare_finngen(file_path = "finngen_R10_AB1_ACTINOMYCOSIS.gz",
out_path = "./")

# 多个文件预处理
prepare_finngen(file_path = c("finngen_R10_AB1_ACTINOMYCOSIS.gz",
"finngen_R10_AB1_AMOEBIASIS.gz",
"finngen_R10_AB1_ANOGENITAL_HERPES_SIMPLEX.gz"),
out_path = "./")