coloc_batch_qtl.Rd直接使用蛋白、基因表达等QTLs文件的MR标准输入格式和对应的基因注释信息，结合疾病GWAS数据，可一次性批量完成多个蛋白和疾病GWAS的共定位分析。
coloc_batch_qtl(
gwas_path1 = "",
gwas_annotation = "",
gwas_path2 = "",
up_num = 1e+06,
down_num = 1e+06,
prepare_method = 1,
type1 = "quant",
SS1 = 35559,
NC1 = 0,
type2 = "cc",
SS2 = 0,
NC2 = 0,
snp_deduplication_by = "maf",
run_coloc_susie = F,
plink_exe = get_plink_exe(),
bfile = "",
coloc_plot = T,
coloc_plot_pph4 = 0.6,
coloc_plot_genome = "hg38",
coloc_plot_snp = "common_top_snp",
coloc_plot_width = NULL,
coloc_plot_height = NULL,
coloc_plot_dpi = 500,
out_path = "./"
)批量分析中用到的QTLs文件，为MR分析的标准输入格式。
QTL文件的注释文件，包括输入文件对应的基因，以及基因所在的染色体位置信息，必须含如下列：file_name、gene_chr、gene_start、gene_end。 该注释数据的作用是用于coloc分析，指定顺式区域以提取snp数据。
指定疾病或者其他性状GWAS数据的文件地址，该文件必须是经过处理的MR分析标准文件。
指定顺式区域的范围，一般默认是基因区域的上下游1mb(1e6)碱基范围。默认1e6。
指定顺式区域的范围，一般默认是基因区域的上下游1mb(1e6)碱基范围。默认1e6。
用于准备coloc分析和coloc作图数据的方法，1或者2，默认1。 方法1是按照染色体区域进行选择SNP，需要满足GWAS1与GWAS2的参考基因组版本均为hg19或者hg38; 方法2是按照SNP的rsid选择SNP，以GWAS1的染色体坐标为参考，不使用GWAS2的chr和pos信息。
GWAS1研究的数据类型，可以是数量性状"quant"，也可以是二分类性状"cc"。这里处理的数据是decode2021来源的蛋白数据，所以为“quant”。
GWAS1研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
如果GWAS1研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
GWAS2研究的数据类型，数量性状"quant"或二分类性状"cc"，默认为“cc”。
GWAS2研究中的样本总数。SS是sample size的缩写。
如果GWAS2研究是二分类性状，需要提供病例的数量。NC是ncase的缩写。
如果snp的rsid存在重复，按照"pval"或者"maf"去重。 如果按照"pval"去重，则保留pval最小的一个；按照"maf"去重，则保留maf最大的一个。默认按照"maf"去重。
是否进行coloc.susie共定位分析，默认F。
如果run_coloc_susie=T，plink默认内置最新plink即可。
如果run_coloc_susie=T，需要提供bfile文件，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
是否绘制coloc共定位的图，包括coloc_plot_locuscompare和coloc_plot_stack_assoc，默认为T。
当coloc_plot = T的时候，共定位分析中pph4达到多少的时候可绘制coloc共定位图，默认是0.6。
当coloc_plot = T的时候，提取坐标轴信息的参考基因组信息，默认是hg38。可以是hg37(或37)或者hg38(或38)。
当coloc_plot = T的时候，绘图时标注的snp，默认是'common_top_snp',即在两个绘图gwas文件中，满足p值相加最小的一个，即min(p1+p2)对应的rsid。 可以是'common_top_snp',或'top_snp'。'top_snp'指的是，在两个gwas数据中，分别是p值最小的top snp。
当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是A4纸的宽度，210mm。
当coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是：60+60*GWAS数量。
绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。
指定输出文件的目录
输出共定位分析结果文件