提取onek1k eQTL文件数据并转化为共定位文件 — coloc_prepare

将https://onek1k.org/ 下载的eqtl文件，根据基因ID或基因名提取数据或细胞，并转化为共定位文件

Usage,

coloc_prepare_onek1k(
  file_path,
  gene = NULL,
  cell = NULL,
  cell_gene = NULL,
  samplesize = 982,
  gene_annotation = Ensembl_GRCh37,
  out_path = "./",
  out_prefix = "onek1k"
)

参数

file_path: eqtl(.tsv.gz)的文件地址
gene: 基因ID或基因名，可以多个
cell: 细胞ID，可以多个
cell_gene: 细胞ID与基因ID（基因名）拼接数据，可以多个，形如：cd8nc_ENSG00000131584或cd8nc_ACAP3
samplesize: 样本量
gene_annotation: 基因信息，默认Ensembl_GRCh37，可选Ensembl_GRCh37或Ensembl_GRCh38
out_path: 输出文件的路径，默认为当前工作目录
out_prefix: 输出文件前缀

值

输出筛选解析的文件

Examples

coloc_prepare_onek1k(
            file_path = "./data_raw/onek1k_eqtl_table.tsv.gz",
            gene = c("ENSG00000131584","ACAP3"),
            out_path = "./data_prepare")