基于SMR，查询rsid

基于SMR，查询rsid

Usage,

smr_query_rsids(
  smr_exe_path,
  qtls_path,
  rsid = "",
  query_p = 5e-08,
  out_path = "./",
  out_prefix = "query_rsids"
)

参数

smr_exe_path

指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址。如果是linux或者mac系统，需替换成对应系统的可执行文件地址。

qtls_path

指定qtls文件的地址,为SMR输入文件格式，包括:.esi;.epi;.besd文件。

rsid

用于查询的rsid，可以是一个或者多个rsid。

query_p

用于查询的p阈值，需要满足rsid的p值小于指定的p阈值。

out_path

指定输出文件的目录，默认为当前路径。

out_prefix

指定输出文件的前缀，默认为query_rsids。

值

返回查询结果

Examples

smr_query_rsids(smr_exe_path = "e:/smr-1.3.1-win-x86_64/smr-1.3.1-win.exe",
qtls_path = "./data_smr/cis-eQTL-SMR_20191212/cis-eQTLs-full_eQTLGen_AF_incl_nr_formatted_20191212.new.txt_besd-dense",
rsid = "rs10907183",
out_path = "./",
out_prefix = "query_rsids")