ukb数据库文件,转换成mr smr标准文件 — prepare

将ukb数据库下载的tsv.bgz文件转换成mr分析.txt文件转换成smr分析.ma文件

Usage,

prepare_ukb(
  gwas_path = "",
  variants_path = "",
  out_path = "./",
  generate_mr = T,
  generate_smr = T
)

参数

gwas_path: 需要转换成mr或smr标准格式ukb来源的tsv.bgz文件，可以是1个或者多个。
variants_path: 注释文件
out_path: 输出文件的路径，默认为当前工作目录
generate_mr: 是否同时输出用于mr分析的标准文件.txt，默认值为T
generate_smr: 是否同时输出用于smr分析的标准文件.ma，默认值为T

值

输出mr标准格式的.txt文件默认当前工作文件夹；输出smr标准格式的.ma文件默认当前工作文件夹

Examples

# 单个文件预处理
prepare_ukb(
gwas_path = "100003_irnt.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz",
variants_path="variants.tsv.bgz",
out_path="./")

# 多个文件预处理
prepare_ukb(gwas_path = c("20001_1001.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz",
"20001_1003.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz",
"20001_1006.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz"),
variants_path="d:/MR/data/ukb/variants.tsv.bgz",
out_path="./")