IEU在线提取结局数据 — mr_extract_outcome

IEU在线提取结局数据

Usage,

mr_extract_outcome_online(
  snps = NULL,
  ieu_out_id = c(),
  out_p = 1e-05,
  find_proxy = T,
  rsq = 0.8,
  maf_threshold = 0.3,
  align_alleles = 1,
  palindromes = 1
)

参数

snps: 暴露数据SNP
ieu_out_id: ieu数据库中结局的id号，可以是1个或者多个
out_p: 指定与结局相关的p值的阈值，默认是1e-5。通过该阈值，排除与结局相关的snp。
find_proxy: 指定是否寻找代理snp替代，T或者F。默认T
rsq: 最小LD rsq值（如果find_proxy = T）。默认值=0.8
maf_threshold: MAF阈值，试图推断回文SNPs。默认值为0.3。
align_alleles: 尝试将标记等位基因与目标等位基因对齐（如果find_proxy = T）。1=是，0=否。默认值为1。
palindromes: 允许使用回文SNPs（如果find_proxy = T）。1=是，0=否。默认值为1。

值

提取的结局数据

Examples

exposure <- mr_extract_exposure_online(ieu_exp_id = c("ieu-a-835"))
outcome <- mr_extract_outcome_online(snps=exposure$SNP,ieu_out_id = "ieu-a-8")