根据ESD format制作BESD — smr_make

构建smr格式的qtl汇总数据，包含三个文件：.epi、.esi和.besd。

Usage,

smr_make_besd(
  gwas_path = "",
  gene_symbol = "",
  smr_exe_path,
  gene_annotation_data = Ensembl_GRCh37,
  p_sig = 0.00157,
  cis_only = F,
  cis_wind_kb = 1000,
  out_path = "./",
  out_prefix = NULL,
  delIntFiles = T
)

参数

gwas_path: 输入文件地址，为MR分析的标准输入文件。可以是一个或者多个。
gene_symbol: 数据文件对应的基因名。可以是一个或者多个,需要和gwas_path中的文件一一对应。
gene_annotation_data: 基因注释文件，默认为R包内置的Ensembl_GRCh37。可以是Ensembl_GRCh37或者Ensembl_GRCh38，或者自制的注释文件（列名需要与Ensembl_GRCh37一致）。
p_sig: 默认1.57e-3，用于选择具有显著性的snp，缩小文件。
cis_only: 是否仅保留顺式区域的SNP，默认为 F。
cis_wind_kb: 如果cis_only = T,定义基因顺式区域的范围，默认为基因区域上下游的1000kb。
out_path: 输出文件的路径。
out_prefix: 输出文件的前缀。
delIntFiles: 是否删除程序执行的中间文件，含.esd和.flist文件，可以是T或者F。默认为T，即删除中间文件。

值

返回构建SMR格式的QTL汇总数据，包含三个文件：.epi、.esi和.besd。

Examples

smr_make_besd(gwas_path = c("f:/data_clean/decode2021_prepared/10959_125_BET1L_BET1L.txt.gz",
"f:/data_clean/decode2021_prepared/17333_20_ACADM_ACADM.txt.gz"),
gene_symbol = c("BET1L","ACADM"),
smr_exe_path = "e:/smr-1.3.1-win-x86_64/smr-1.3.1-win.exe"
)